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opencc-zeroApr 2022View details →

Nestedness theory suggests wetland fragments with large areas and macrophyte diversity benefit waterbirds

Many artificial wetland constructions are currently underway worldwide to compensate for the degradation of natural wetland systems. Researchers face the responsibility of proposing wetland management and species protection strategies to ensure that constructed wetlands positively impact waterbird diversity. Nestedness is a commonly occurring pattern for biotas in fragmented habitats with important implications for conservation; however, only a few studies have focused on seasonal waterbird communities in current artificial wetlands. In this study, we used the nestedness theory for analyzing the annual and seasonal community structures of waterbirds in artificial wetlands at Lake Dianchi (China) to suggest artificial wetland management and waterbird conservation strategies. We carried out three waterbird surveys per month for one year to observe the annual, spring, summer, autumn, and winter waterbird assemblages in 27 lakeside artificial wetland fragments. We used the NeD program to quantify nestedness patterns of waterbirds at the annual and seasonal levels. We also determined Spearman partial correlations to examine the associations of nestedness rank and habitat variables to explore the factors underlying nestedness patterns. We found that annual and all four seasonal waterbird compositions were nested, and selective extinction and habitat nestedness were the main factors governing nestedness. Further, selective colonization was the key driver of nestedness in autumn and winter waterbirds. We suggest that the area of wetland fragments should be as large as possible and that habitat heterogeneity should be maximized to fulfill the conservation needs of different seasonal waterbirds. Furthermore, we suggest that future studies should focus on the least area criterion, and that vegetation management of artificial wetland construction should be based on the notion of sustainable development for humans and wildlife.

opencc-by-4.0May 2022View details →

triDNAlib: 3D fragment library of DNA trinucleotides

A library of 3D structures of DNA trinucleotides, extracted from the PDB using the protNAff tool [1], in all-atom and coarse-grain [2] representations. The coordinates of the fragments are stored as numpy matrices. To convert them into PDB files, unzip the archive, enter it and run the command line:  bash scripts/convert_npy_pdb.sh The PDB files will be created in ssDNA, both as multi-models and single-model files, for both all-atom ("aa") and coarse-grain ("r" for "reduced). If you face any error or have any question, please contact the authors.   [1] https://github.com/isaureCdB/ProtNAff [2] Setny, Bahadur and Zacharias,  BMC Bioinformatics. 2012. doi: 10.1186/1471-2105-13-228

opencc-zeroMay 2022View details →

Data from: Independent evolution of highly variable, fragmented mitogenomes of parasitic lice

The mitochondrial genomes (mitogenomes) of bilaterian animals are highly conserved structures that usually consist of a single circular chromosome. However, several species of parasitic lice (Insecta: Phthiraptera) possess fragmented mitogenomes, where the mitochondrial genes are present on separate, circular chromosomes. Nevertheless, the extent, causes, and consequences of this structural variation remain poorly understood. Here, we combined new and existing data to better understand the evolution of mitogenome fragmentation in major groups of parasitic lice. We found strong evidence that fragmented mitogenomes evolved many times within parasitic lice and that the level of fragmentation is highly variable, including examples of heteroplasmic arrangements. We also found a significant association between mitochondrial fragmentation and signatures of relaxed selection. Mitochondrial fragmentation was also associated with changes to a lower AT%, possibly due to differences in mutation biases. Together, our results provide a significant advance in understanding the process of mitogenome fragmentation and provide an important perspective on mitochondrial evolution in eukaryotes.

opencc-zeroMay 2022View details →

Small giants: Tributaries rescue spatially structured populations from extirpation in a highly fragmented stream

Habitat fragmentation is a pervasive threat to biodiversity. Linearly arranged habitats such as stream networks are particularly vulnerable to fragmentation. As the landscape becomes increasingly human-dominated, conservation values of fragmented habitat patches cannot be overlooked. It is critical to understand the demographic mechanisms of population persistence or extirpation in fragmented patches. We studied the dynamics of spatially structured populations of two Japanese landlocked salmonids persisting for > 30 years in a headwater stream network that is highly fragmented due to low-head dams in the mainstem. We parameterised and analysed spatial matrix population models using 9-year mark-recapture data. Tributaries supported higher survival rates in some life stages, and movement was asymmetrical from the tributaries to the mainstem. Accordingly, population growth rates were higher in the tributary patches than the mainstem in both species despite the tributaries occupying only 12 or 18% of the study stream network by surface area. The tributaries harboured more physically and hydraulically complex instream habitats (i.e., higher wood density and flow refugia), indicating that habitat patch quality was more important than habitat patch size in determining the dynamics of these spatially structured populations. Tributary locations in the stream network were important in the trajectory of these populations. The upstream-dwelling charr persisted in the highly fragmented mainstem patch (i.e., six impassable infrastructures in a < 500 m patch) due to immigration of fish from upstream including the tributary. However, the downstream-dwelling salmon have been gradually extirpated from the uppermost section of the fragmented mainstem patch because they could not maintain a positive population growth rate after the loss of emigrants was accounted for and immigration was prevented due to fragmentation. Synthesis and applications: We conclude that small tributaries have rescued the spatially structured populations from extirpation (charr) or at least slowed down extirpation (salmon). Legal protection of headwaters as aquatic habitats is weak globally. Our results suggest that stream management plans underestimating the demographic value of small tributaries will likely fail to conserve populations of headwater inhabitants and therefore endanger aquatic biodiversity. We discuss conservation implications of this study related to habitat connectivity and fisheries management.

opencc-zeroMay 2022View details →

A representative gel of ALAD following a restriction fragment length digestion

Background: Rapid industrialization, urbanization, and population explosion in sub-Saharan Africa escalate environmental lead levels and subsequently blood lead levels in children. Its levels in one's environment account for his/her blood lead levels. One's susceptibility to lead toxicity is governed by his/her nutrition status, age and genetics. This study aimed at expounding susceptibility to lead toxicity by relating blood lead levels, delta-aminolevulinic acid dehydratase (ALAD) enzyme activity, and genetic variations of proteins that code for ALAD in urban children of Uganda. Methods: A total of 198 blood samples were spectrophotometrically analyzed for blood lead levels (BLL), hemoglobin (Hb) levels, and ALAD enzyme activity before DNA extraction, polymerase chain reaction, and restriction fragment length digestion for ALAD polymorphism. Results: Up to 99.5% of the total samples analysed coded for ALAD1 allele compared to 0.05% that coded for ALAD2. There was a significant relationship between BLL, Hb status and ALAD enzyme activity in the three isozymes (ALAD1-1, ALAD1-2 and ALAD2-2) in strength of ALAD1-1 (r = 0.42, p-value = 0.02) ˂ALAD1-2 (r = 0.62, p-value = ˂0.001) ˂ ALAD2-2 (r = 0.67, p-value = ˂0.001). Conclusions: The majority of children in Uganda code for the ALAD1 allele, which is important for blood lead ions hoarding during lead toxicity. Hoarding of blood lead not only delays exposure effects but also accumulates its levels in deposit tissues and this poses adverse effects later in their lives.

openother-openMay 2022View details →

Supplementary Materials: Use of Sentinel 2 imagery to estimate vegetation height in fragments of Atlantic Forest

Supplementary materials for the paper: Use of Sentinel 2 imagery to estimate vegetation height in fragments of Atlantic Forest Paper DOI: <a href="https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2022.101680">https://doi.org/10.1016/j.ecoinf.2022.101680</a> This release is the one used for the definitive version of the article.

opencc-zeroJun 2022View details →

Can antioxidant responses be induced by habitat fragmentation process?

Animal populations are increasingly forced to live in small residual natural or semi-natural areas due to habitat loss and fragmentation. Here, the viability of populations is often compromised by intrinsic threat factors typical of small and isolated populations, such as inbreeding depression, genetic drift, and environmental and demographic stochasticity. Under these circumstances, organisms may have low fitness due to inadequate physiological responses needed to face environmental challenges. However, few studies have investigated the relationship between habitat fragmentation and stress defences. In this study, we aimed to test whether an increase in the level of individual inbreeding produced an increase in the antioxidant system response. To this purpose, we genotyped 151 individuals of Fire Salamander Salamandra salamandra (Amphibia: Urodela) within 5 sampling populations, located in forest landscapes with different degree of fragmentation in northern Italy. For 113 individuals we also measured the glutathione-S-transferase (GST) and catalase (CAT) enzyme activity. Results showed a significant increase in individual GST activity for increasing levels of inbreeding, whereas no relationship was found for CAT. We also measured acetylcholinesterase to test the possible confounding effects of pesticides that might have occurred in fragmented landscapes with forests interspersed with agricultural areas. However, no difference in this enzyme activity was found among sampling populations. We argue that high levels of GST activity may be symptomatic of oxidative stress derived from inbreeding. An increased frequency of homozygous deleterious alleles due to inbreeding may cause homeostatic alterations and trigger the expression of GST for protection against hydrogen peroxide reactive oxygen species. We suggest using GST as a biomarker for environmental stressors with great caution and not to underestimate that the sources of stress deriving from habitat fragmentation could lead to an unbalance in the oxidative status, possibly increasing population susceptibility to infectious diseases and, potentially, spillover events and zoonoses.

opencc-zeroJun 2022View details →

Patch quality and habitat fragmentation shape the foraging patterns of a specialist folivore

Research on use of foraging patches has focused on why herbivores visit or quit patches, yet little is known about visits to patches over time. Food quality, as reflected by higher nutritional quality and lower plant defences, and physical patch characteristics, which offer protection from predators and weather, affect patch use and hence should influence their revisitation. Due to the potentially high costs of moving between patches, fragmented habitats are predicted to complicate foraging decisions of many animals. We aimed to determine how food quality, shelter availability and habitat fragmentation influence tree reuse by a specialist folivore, the koala, in a fragmented agricultural landscape. We GPS- tracked 23 koalas in northern New South Wales, Australia and collated number of revisits, average residence time, and average time-to-return to each tree. We measured tree characteristics including food quality (foliar nitrogen and toxic formylated phloroglucinol compounds, FPCs concentrations), tree size and tree connectedness. We also modelled the costs of locomotion between trees. Koalas re-visited isolated trees with high leaf nitrogen disproportionately often. They spent longer time in trees with high leaf nitrogen, and in large trees used for shelter. They took longer to return to trees with low leaf nitrogen. Tree connectivity reduced travel costs between patches, being either individual or groups of trees. FPC levels had no detectable effect on patch revisitation. We conclude that food quality and shelter drive koala tree re-visits. Scattered, isolated trees with nutrient-rich leaves are valuable resource patches for koalas despite movement costs to reach them.

6. Abdoulaye Haman Djouma, déplacé de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Déplacé d’Amchidé, Abdoulaye Haman Djouma est l’époux de Zara Fiyama. Résident au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, il est de l’ethnie massa. Ce père d’enfants est mal voyant. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

5. Zara Fiyama épse Abdoulaye, déplacée d'Amchidé (récit d'un fragment de vie)

Déplacée d’Amchidé, Zara Fiyama épse Abdoulaye est femme au foyer, mère d’enfants et grand-mère. Résidente au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, elle est de l’ethnie mandara. Elle souffre d’un handicap moteur. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

4. Adama Madi, réfugiée de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Réfugiée venant de Banki (Nigeria), Adama Madi est une femme au foyer et une mère d’enfants. Résidente au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, elle est de l’ethnie mandara. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

2. Haoua Abba Maloum, déplacée de la crise Boko Horam (récit d'un fragment de vie)

Déplacée et fille de déplacés de Amchidé (Cameroun), Haoua Abba Maloum est une jeune femme au foyer et mère de 02 enfants. Résidente au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, elle est de l’ethnie Kanuri. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

3. Aïssatou Sambo, réfugiée de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Réfugiée venant de Banki (Nigeria), Aïssatou Sambo est une femme au foyer et une mère d’enfants. Résidente au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, elle est de l’ethnie mandara. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

10. Ali Oumar, accueillant de déplacés et réfugiés de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Ali Oumar est guide religieux et imam d’une mosquée secondaire à Lougguéo (Maroua). Il a accueilli plusieurs réfugiés et déplacés dans sa concession. Il est de l’ethnie arabe choa. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

9. Aminou Bouba, accueillant de déplacés et réfugiés de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Aminou Bouba est le chef du quartier Lougguéo (Maroua). Ce père de famille a accueilli plusieurs réfugiés et déplacés dans sa chefferie. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

8. Ayouba Mussa, réfugié de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Réfugié venant de Banki (Nigeria), Ayouba Mussa est le jeune fils déscolarisé de Hassanatou Adamou. Résident au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, il est de l’ethnie kanuri. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

7. Hassanatou Adamou, réfugiée de la crise Boko Haram (récit d'un fragment de vie)

Réfugiée venant de Banki (Nigeria), Hassanatou Adamou est veuve et mère d’enfants. Résidente au quartier Lougguéo dans la ville de Maroua, elle est de l’ethnie hausa. *** Ce travail a été supervisé par SAÏBOU ISSA, Coordonnateur du Centre d'Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration. *** La crise Boko Haram, débutée en 2009, a provoqué le déplacement des populations des zones frontalières vers la capitale de la région de l’Extrême-Nord. Le champ des crisis studies a quelque peu négligé les problématiques linguistiques au détriment des dynamiques et phénomènes sociopolitiques des migrations internes et transfrontalières. Douze ans après le déclenchement de ce conflit, la petite enquête de terrain, financée par le Centre d’Études et de Recherche en Paix, Sécurité et Intégration (CERPSI), revient vers les déplacés et les réfugiés dans l’optique de recueillir des données qualitatives sur les stéréotypes, la stigmatisation et l’adaptation des victimes de la guerre. Il a principalement été question de capter, dans les récits de vie, les mécanismes conflictuels qui provoquent les stigmatisations ethnolinguistiques des déplacés désormais installés dans la ville de Maroua. Le jeu de données qui est présenté ici est ouvert à la communauté scientifique, aux différents acteurs sociaux et aux organisations qui opèrent sur les questions de crise en général et au Sahel en particulier. Il est composé de dix entretiens dans lesquels les victimes racontent leur trajectoire, leurs traumatismes et leur résilience.

opencc-zeroJul 2022View details →

Sex-specific shifts in morphology and diet in a frog after 50 years of anthropogenic habitat fragmentation

Aim: Phenotypic shifts are commonly observed when animals face insular habitat change and may reflect ongoing stresses on individuals. However, the generality and the driving processes of this 'island rule' remain equivocal, notably in amphibians. Here, we investigate both morphological and dietary shifts in a frog using a mosaic of human-created islands to assess the potential operating mechanisms underlying these phenotypic responses. Location: Thousand Island Lake, China. Taxon: The Chinese piebald odorous frog, Odorrana schmackeri. Results: We found insular dwarfism in female but not male frogs. Meanwhile, insular females also had smaller gape widths after accounting for snout-vent lengths (SVLs) than mainland females. According to SEMs, resource availability had a direct positive effect on body size. Finally, diet composition differed between island and mainland populations, but only in females. Males and females on islands exhibited greater overlaps in diet. Main conclusions: In contrast with most studies in amphibians, we found insular dwarfism rather than gigantism in females. The smaller gape width after accounting for SVL in insular females suggests potential changes in prey utilization or food availability on these human-created islands. This notion is further supported by the differentiation of diet composition between island and mainland females. The higher diet overlap between sexes implies stronger intersexual competition for food resources after habitat fragmentation. Overall, we found shifts in morphology and diet in frogs which may implicate the influence of habitat fragmentation and underscores the need to consider intersexual differences when assessing responses of species to anthropogenic disturbances.

opencc-by-4.0Jun 2022View details →

PanDDA files from a ligand screen against the NSP3 macrodomain of SARS-CoV-2 - ligands from fragment merging/linking and virtual screening

This deposition contains the X-ray diffraction data used to run PanDDA in the ligand screen against the NSP3 macrodomain of SARS-CoV-2 described in Gahbauer et al. 2022 (doi: https://doi.org/10.1101/2022.06.27.497816). mac1_pandda.zip contains the structure factor intensities, PanDDA input/ouput and refined models/maps. A description of the files can be found in the README file.  mac1_ligand-bound_states.zip contains the ligand-bound states extracted from the multi-state PDB files.