zenodoopen

Annexes numériques de la thèse de doctorat "Comportements alimentaires et mobilité au Néolithique. Analyses biogéochimiques multi-proxies de restes bioarchéologiques de la vallée de l'Yonne (Ve millénaire av. J.-C., France)"

Annexe N1_carte_geol_Sr : Carte de France (Géoportail) permettant un grossissement interactif de la zone d’intérêt, illustrant les principales unités géologiques et la localisation des sites de notre corpus dans la vallée de l’Yonne entourés d’un rayon de 100 km dans lequel sont indiqués les prélèvements Sr de la base de données iRhum (Willmes et al., 2013) utilisés comme valeurs de référence dans ce travail. Annexe N2_Profiles_pictures (dossier): Tracés des profils réalisés sur chaque échantillon humain et animal d’émail et d’os pour l’ablation laser, d’après photographie des moulages. Photographies et DAO : L. Rey. Annexe N3_Raw_data_Sr et TE_Python (dossier) : Totalité des fichiers de résultats bruts obtenus par ablation laser pour chaque séquence (LR_X) et (LR_X_SEQ) ainsi que les scripts Python-Spyder nécessaires à l’extraction et à la correction des données. Le dossier Sr comprend les données obtenues par LA-MC-ICPMS pour le strontium isotopique (isotopes du Sr, Rb et Kr) et le dossier TE comprend les données obtenues par LA-Q-ICPMS pour les éléments traces (ces fichiers comprennent les mesures de 65 isotopes de 41 éléments dont ceux d’intérêt : Sr, Ba, Ca, Mg, Mn et U). Annexe N4_Scripts (dossier) : Ensemble des scripts nécessaires au traitement des données acquises par ablation laser. 1.script_process servant au traitement et à la correction des données brutes (sous Python) ; 2.script_extraction servant à l’extraction des données d’intérêt au format .csv (sous R) ; 3.script_gener_moyIndiv servant à la création d’un fichier synthétisant l’ensemble des données moyennes « propres » par individu (sous R) ; 4.script_gph_profils servant à la création des courbes de données pour chaque profil et chaque individu (sous R) ; 5.script_correl servant à la création des matrices et graphiques de corrélation entre proxies biogéniques et diagénétiques pour chaque profil (sous R). Les fichiers sources correspondant sont disponibles en Annexes N3 (Python) et N8 (R, .csv). Annexe N5_Data_out_Sr et TE (dossier) : Totalité des fichiers de résultats corrigés (correction semi-automatisée avec le logiciel Python-Spyder 2.7) obtenus par ablation laser pour chaque séquence (LR_X_processed). Le dossier Sr comprend les données relatives à l’étude du Sr isotopique dont le rapport 87Sr/86Sr calibré par encadrement des standards « bracketing calibration » et corrigé par rapport au 85Rb et 83Kr (nommé « Sr8786_RbKrcorr_brack ») et le signal contrôle 88Sr). Le dossier TE comprend les données relatives à l’étude des éléments trace, dont les données sont exprimées relativement à l’abondance naturelle de l’isotope considéré (T_isotope), relativement au Ca (R_T_ isotope) et corrigées par encadrement des standards « bracketing calibration » (Corr_R_T_isotope). Ces fichiers comprennent les mesures de 65 isotopes de 41 éléments dont seuls Sr, Ba, Ca, Mg, Mn, U, Rb, Fe, Zn, Pb et Th ont été corrigés. Les tables de calibration relative par rapport à la position de l’échantillon ainsi que l’ordre des échantillons et standards de chaque séquence sont données dans les derniers onglets de chaque fichier. Annexe N6_Global_File_Sr et TE : Fichiers (.csv) comprenant l’ensemble des valeurs corrigées des profils d’échantillons et des valeurs de standards pour 87Sr/86Sr et 88Sr (ce dernier non corrigé) dans l’un (« fichier_global_Sr.csv ») et Sr/Ca, Ba/Ca, Mg/Ca, Mn/Ca (non corrigé), U/Ca, 88Sr (non corrigé) et 43Ca (non corrigé) dans l’autre (« fichier_global_TE.csv »). Annexe N7_TOT_profiles : Fichier Excel comprenant 4 onglets pour les éléments traces dans l’émail (TE_enamel) et dans l’os (TE_bone) et pour le Sr isotopique dans l’émail (Sr_enamel) et dans l’os (Sr_bone) avec l’ensemble des données pour chaque profil d’échantillon - les valeurs en rouges sont celles qui sont supprimées lors du nettoyage de la diagénèse - ainsi que les valeurs moyennes, l’écart-types et la quantité de données de chaque profil total (TOT) et nettoyé (select). Il a été démontré par la suite que les valeurs dans l’os et les valeurs 87Sr/86Sr ne doivent pas être interprétés directement en termes biogéniques. Annexe N8_csv_source (dossier) : Fichiers sources au format .csv de l’ensemble des valeurs corrigées pour chaque profil dans l’os (_bone) et dans l’émail (_enamel) pour le Sr isotopique (profilesSr) et les éléments traces (profilesTE). Les fichiers « TOT_ » comprennent les données des profils totaux (avant nettoyage de la diagénèse) et les fichiers « Nett_ » les données des profils nettoyés de la diagénèse (sans les valeurs en rouge du fichier « TOT_profils »). Ces fichiers sont ceux qui peuvent être directement utilisés pour l’analyse statistique des résultats. Attention, il a été démontré par la suite que les valeurs nettoyées dans l’os et les valeurs 87Sr/86Sr ne doivent pas être interprétés directement en termes biogéniques. Annexe N9_Curves (dossier) : Courbes des valeurs de Sr/Ca, Ba/Ca, Mg/Ca, U/Ca, Mn/Ca et 44Ca pour l’étude des éléments traces et de 87Sr/86Sr et 88Sr pour l’étude du Sr isotopique de chaque profil dans l’émail (a) et dans l’os (b) et pour chaque individu dans l’émail (c : les profils d’un même individu sont mis bout à bout et séparés par une ligne verticale pointillée – attention les profils ne sont pas nécessairement jointifs et la ligne peut correspondre à une lacune de plusieurs milliers de points ; se référer aux tracés des profils sur photographies de l’Annexe N2_Profiles_pictures). Les courbes de droite correspondent aux profils nettoyés de la diagénèse. Les profils TE et Sr sont calés approximativement, en fonction de la longueur totale du profil, en µm (les profils TE et Sr n’ayant pas le même nombre de points – le nombre de points est converti en µm). Les profils commencent de l’extrémité occlusale jusqu’au collet pour les humains et les cochons, ils sont inversés (du collet à l’extrémité occlusale) pour les herbivores (cf. Annexe N2). Il a été démontré par la suite que les valeurs dans l’os et les valeurs 87Sr/86Sr ne doivent pas être interprétées directement en termes biogéniques. Annexe N10_Correl (dossier) : Graphiques et matrices de corrélation entre les rapports Sr/Ca et Ba/Ca biogéniques et les rapports Mn/Ca, U/Ca et Mg/Ca diagénétiques pour les profils totaux (TOT) et nettoyés (Nett), dans l’émail (enamel) et dans l’os (bone). Les matrices de corrélation indiquent les coefficients de corrélation de Pearson (les valeurs les plus proches de 0 sont les moins corrélées).

ShareScore

36/100

Overall dataset sharing score

Score breakdown

These five areas show where the dataset supports — or may limit — practical reuse.

Stewardship: 4
Harmonization: 4
Access: 16
Reuse readiness: 8
Engagement: 4

Annexes numériques de la thèse de doctorat "Comportements alimentaires et mobilité au Néolithique. Analyses biogéochimiques multi-proxies de restes bioarchéologiques de la vallée de l'Yonne (Ve millénaire av. J.-C., France)"

Score breakdown

Your academic CV and NIH biosketch