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Reference data for "Limitations of alignment-free tools in total RNA-seq quantification"
<p>This repository contains reference data for "Limitations of alignment-free tools in total RNA-seq quantification"</p>
Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de CANARIAS. Año 2017. España. || Georeferenced map of primary care area of reference in the CANARY ISLANDS. Year 2017. Spain.
<p><strong>// ES::Español</strong><br> Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma de CANARIAS, España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria.</p> <p>Los mapas están proyectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p><strong>// EN::English</strong><br> Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community of CANARIAS, Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area.</p> <p>Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de MADRID. Año 2017. España. || Georeferenced map of primary care area of reference in MADRID. Year 2017. Spain.
<p><strong>// ES::Español</strong><br> Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma de <strong>MADRID</strong>, España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria.</p> <p>Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p><strong>// EN::English</strong><br> Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community of <strong>MADRID</strong>, Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area.</p> <p>Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de CANTABRIA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in CANTABRIA . Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de CASTILLA LEON. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in CASTILLA LEON . Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de CATALUÑA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in CATALUÑA. Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de CASTILLA LA MANCHA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in CASTILLA LA MANCHA. Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de ARAGON. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in ARAGON. Year 2017. Spain.
<p>ES:Español<br> Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria.</p> <p>Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN:English<br> Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area.</p> <p>Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
[opendc-sc18-dataset] A Reference Architecture for Datacenter Scheduling: Data Artifacts
<p>This release contains the data artifacts of the paper A Reference Architecture for Datacenter Scheduling presented at <a href="https://sc18.supercomputing.org/">Supercomputing 2018</a></p> <p>For the paper, experiments have been run on the following traces:</p> <ul> <li><strong>Askalon (W-Eng)</strong> - <code>askalon_workload_ee</code></li> <li><strong>Chronos (W-Ind)</strong> - <code>chronos_exp_noscaler_ca</code></li> </ul> <p>Each of the directories for the traces have the following structure:</p> <ul> <li><strong>/setup.txt</strong><br> This text file describes the trace used for the experiment in addition to the amount of times the experiment was repeated and the amount of warm-up experiments.</li> <li><strong>/setup.json</strong><br> This JSON file describes the topology of the datacenter used in the experiments. Each item represents the identifiers of the resource (here, CPU type) to use in the machine. The available CPU types are (1) Intel i7 (4 cores, 4100 MHz) and (2) Intel i5 (2 cores, 3500 MHz).</li> <li><strong>/trace</strong><br> This directory contains the trace used in the simulation. The trace is stored in the Grid Workload Format. See the <a href="http://gwa.ewi.tudelft.nl/">Grid Workload Archive</a> for more information.</li> <li><strong>/data/experiments.csv</strong><br> A CSV file containing information of all simulations that have been run on the OpenDC platform for this experiment.</li> <li><strong>/data/job_metrics.csv</strong><br> A CSV file containing metrics (NSL, JMS, etc.) for each job that ran during the simulations.</li> <li><strong>/data/stage_measurements.csv</strong><br> A CSV file containing timing measurements for the scheduling stages that ran during the simulations.</li> <li><strong>/data/task_metrics.csv</strong><br> A CSV file containing metrics for each task that ran during the simulations.</li> <li> <p><strong>/data/tasks.csv</strong><br> A CSV file containing information about the tasks (submit time, runtime, etc.) that ran during the simulations as extracted from the traces.</p> <p>Additionally, we describe the format of each data file in the associated metadata file.</p> </li> </ul> <p><strong>Hardware</strong></p> <p>The hardware used for running the experiments is a MacBook Pro with a 2,9 GHz Intel Core i7 processor and 16 GB 2133 MHz LPDDR3 internal memory.</p> <p><strong>Reproduction</strong></p> <p>This section describes the instructions for reproducing the paper results using a provided Docker image. Please make sure you have <a href="https://www.docker.com/">Docker</a> installed and running.</p> <p>For reproduction, you will run the following experiments:</p> <ul> <li><code>askalon_workload_ee</code><br> This is the large experiment of the paper and will take approximately 4 hours to complete similar hardware.</li> <li><code>chronos_exp_noscaler_ca</code><br> This is the smaller experiment of the paper and will take approximately 5 minutes to complete on similar hardware.</li> </ul> <p>The Docker image <a href="https://hub.docker.com/r/atlargeresearch/sc18-experiment-runner/"><code>atlargeresearch/sc18-experiment-runner</code></a> can be used for running the experiments. A volume can be attached to the directory <code>/home/gradle/simulator/data</code> to capture the results of the experiments.</p> <p>Make sure you have, in your current working directory, the following files:</p> <ul> <li><strong>/setup.json</strong><br> This JSON file describes the topology of the datacenter and can be found in this archive at <code>askalon_workload_ee/setup.json</code>.</li> <li><strong>/askalon_workload_ee.gwf</strong><br> This file contains the trace for the Askalon workload. This file can be found in the archive at <code>askalon_workload_ee/trace/askalon_workload_ee.gwf</code>.</li> <li><strong>/chronos_exp_noscaler_ca.gwf</strong><br> This file contains the trace for the Chronos workload. This file can be found in the archive at <code>chronos_exp_noscaler_ca/trace/chronos_exp_noscaler_ca.gwf</code>.</li> </ul> <p>Then, you can start the Askalon experiments as follows:</p> <pre><code>$ docker run -it --rm -v $(pwd):/home/gradle/simulator/data atlargeresearch/sc18-experiment-runner -r 32 -w 4 -s data/setup.json data/askalon_workload_ee.gwf </code></pre> <p>The experiment runner can be configured with the following options</p> <ul> <li><strong>-r</strong>, <strong>--repeat</strong><br> The amount of times to repeat an experiment for each scheduler.</li> <li><strong>-w</strong>, <strong>--warm-up</strong><br> The amount of times to warm-up the simulator for each scheduler.</li> <li><strong>-p</strong>, <strong>--parallelism</strong><br> The number of experiments to run in parallel.</li> <li><strong>--schedulers</strong><br> The list of schedulers to test, separated by spaces. The following schedulers are available: <code>SRTF-BESTFIT</code>, <code>SRTF-FIRSTFIT</code>, <code>SRTF-WORSTFIT</code>, <code>FIFO-BESTFIT</code>, <code>FIFO-FIRSTFIT</code>, <code>FIFO-WORSTFIT</code>, <code>RANDOM-BESTFIT</code>, <code>RANDOM-FIRSTFIT</code>, <code>RANDOM-WORSTFIT</code>.</li> </ul> <p>After the Askalon experiments have been finished, you can start the Chronos experiments. <strong>Make sure</strong> you have a copy of the result files in your directory as the result files will be overwritten.</p> <pre><code>$ docker run -it --rm -v $(pwd):/home/gradle/simulator/data atlargeresearch/sc18-experiment-runner -r 32 -w 4 -s data/setup.json data/chronos_exp_noscaler_ca.gwf </code></pre>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de BALEARES. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in BALEARES. Year 2017. Spain.
<p>ES:Español<br> Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria.</p> <p>Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN:English<br> Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area.</p> <p>Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de ASTURIAS. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in ASTURIAS. Year 2017. Spain.
<p> ES::Español<br> Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria.</p> <p>Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN:English<br> Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area.</p> <p>Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de GALICIA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in GALICIA . Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de ANDALUCIA. Año 2017. España || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in ANDALUCIA. Year 2017. Spain.
<p>ES:Español<br> Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria.</p> <p>Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN:English<br> Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area.</p> <p>Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de PAIS VASCO. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in PAIS VASCO. Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de EXTREMADURA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in EXTREMADURA . Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de NAVARRA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in NAVARRA. Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de MURCIA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in MURCIA . Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de LA RIOJA. Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in LA RIOJA. Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p> <p> </p>
ES: Mapa georreferenciado de las zonas básicas de salud de VALENCIA . Año 2017. España. || EN: Georeferenced map of primary care area of reference in VALENCIA . Year 2017. Spain.
<p>ES: Información geográfica y mapas relativos a las zonas básicas de salud de la Comunidad Autónoma [CCAA], España. Las zonas básicas de salud se refieren a las áreas de referencia de atención primaria. Cada zona básica de salud está determinada por la existencia de un Equipo de Atención Primaria, que asiste a la población de referencia de su zona desde un Centro de Salud de<br> Atención primaria. Los mapas están projectados en el sistema de referencia de coordenadas geográficas.</p> <p>|| EN: Geographical information and maps of the primary care settings of the Autonomous Community [CCAA], Spain. The primary care areas of reference are configured following the availability of a Primary Care Team (health professionals) assisting reference populations' health needs from a primary care centre within<br> the area. Maps are projected in the geographic coordinates reference system.</p> <p> </p>
bin3C - GTDB metadata associated with reference genomes selected for the simulated community
<p>Supplementary data table S1 from the manuscript</p> <p>bin3C : Exploiting Hi-C sequencing data to accurately resolve metagenome-assembled genomes (MAGs)</p> <p>A simulated community was constructed for ground truth validation of bin3C results. This table lists the GTDB metadata associated with each of the 63 selected genomes.</p>
ScienceDex guides
Understand access before you commit
These curated guides explain access requirements, typical timelines, costs, and reuse considerations for widely used research datasets.
Allen Brain Atlas
Allen Brain Atlas is an Allen Institute collection of brain map atlases, datasets, APIs, and analysis tools covering mouse, human, and non-human primate brain resources.
Annotated Behaviour and Observability Dataset (ABODe)
ABODe is a University of Edinburgh DataShare dataset for behavior classification in group-housed mice using home-cage video, identities, bounding boxes, ground-plate positions, and annotator labels.
DANDI Archive for NWB datasets
DANDI is a BRAIN Initiative archive for publishing and sharing neurophysiology data, including electrophysiology, optophysiology, and behavioral data packaged as NWB and related standards.
International Brain Laboratory public data
The International Brain Laboratory public data releases expose standardized mouse decision-making experiments, including Neuropixels recordings, widefield calcium imaging, behavior, and session metadata accessed through the ONE API.
OpenNeuro
OpenNeuro is a free, open platform for sharing neuroimaging datasets, with public search, dataset pages, and download paths for web, S3, DataLad, and the OpenNeuro CLI.