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38,569 results for “c”
French domestic bilateral transport costs between districts c. 1789
<p>Downloading the data will provide you with a .zip file.</p> <p>The data include bilateral transport costs between French districts around 1789, as computed for the paper See Daudin, G. (2010). Domestic Trade and Market Size in Late-Eighteenth-Century France. <em>The Journal of Economic History,</em> 70(3), 716-743. doi:10.1017/S0022050710000598</p>
Les puits à eau protohistoriques en Alsace entre 2300 et 25 av. J.-C. : une synthèse régionale
<p>Inventory of the wells studied in the article<br> CROUTSCH (C.), GOEPFERT (S.), ROTH-ZEHNER (M.), FÉLIU (C.), TEGEL (W.),<br> PIERREVELCIN (G.), RAULT (E.) — Les puits à eau protohistoriques en Alsace entre<br> 2300 et 25 av. J.-C. : une synthèse régionale. In : CROUTSCH (C.), GOEPFERT (S.),<br> ADAM (A.-M.) dir. — Les puits de la Protohistoire dans l’Est de la France. Strasbourg :<br> AVAGE, 2020, p. 63-98. (Mémoires d’archéologie du Grand Est ; 6).</p>
Towards a systematic approach to manual annotation of code smells - C# Dataset of Long Method and Large Class code smells
<p>This dataset includes open-source projects written in C# programing language, annotated for the presence of Long Method and God Class code smells. Each instance was manually annotated by at least two annotators. We explain our motivation and methodology for creating this dataset in our <a href="https://www.techrxiv.org/articles/preprint/Towards_a_systematic_approach_to_manual_annotation_of_code_smells/14159183/1">preprint</a>:</p> <p>Luburić, N., Prokić, S., Grujić, K.G., Slivka, J., Kovačević, A., Sladić, G. and Vidaković, D., 2021. Towards a systematic approach to manual annotation of code smells. </p> <p>The dataset contains two excel datasheets:</p> <ul> <li><em>DataSet_Large Class.xlsx</em> – C# classes annotated for the Large Class code smell severity.</li> <li><em>DataSet_Long Method.xlsx</em> – C# methods annotated for the Long method code smell severity.</li> </ul> <p> The columns in the datasheet represent:</p> <ul> <li><em>Code Snippet ID</em> – the full name of the code snippet. <ul> <li>For classes, this is the package/namespace name followed by the class name. The full name of inner classes also contains the names of any outer classes (e.g., <em>namespace.subnamespace.outerclass.innerclass</em>).</li> <li>For methods, this is the full name of the class and the methods’s signature (e.g., <em>namespace.class.method(param1Type, param2Type)</em> ).</li> </ul> </li> <li><em>Link </em>– The GitHub link to the code snippet, including the commit and the start and end LOC.</li> <li><em>Code Smell </em>– code smell for which the code snippet is examined (Large Class or Long Method).</li> <li><em>Project Link </em>– the link to the version of the code repository that was annotated.</li> <li><em>Metrics </em>– a list of metrics for the code snippet, calculated by our <a href="https://github.com/Clean-CaDET/platform#readme">platform</a>. Our dataset provides 25 class-level metrics for Large Class detection and 18 method-level metrics for Long Method detection The list of metrics and their definitions is available <a href="https://github.com/Clean-CaDET/platform/blob/c4acff95ec00ff6c25fa62dde4818c1f40e39d39/CodeModel/CaDETModel/CodeItems/CaDETMetrics.cs">here</a>.</li> <li><em>Final annotation </em>– a single severity score calculated by a majority vote. </li> <li><em>Annotators </em>– each annotator's (1, 2, or 3) assigned severity score.</li> </ul> <p>To help guide their reasoning for evaluating the presence and the severity of a code smell, three annotators independently annotated whether the considered heuristics apply to an evaluated code snippet. We provide these results in two separate excel datasheets:</p> <ul> <li><em>LargeClass_Heuristics.xlsx </em>- C# classes annotated for the presence of heuristics relevant for the Large Class code smell.</li> <li><em>LongMethod_Heuristics.xlsx </em>- C# classes annotated for the presence of heuristics relevant for the Large Class code smell.</li> </ul> <p>The columns of these two datasheets are:</p> <ul> <li><em>Code Snippet ID </em>- the full name of the code snippet (matching the IDs from <em>DataSet_Large Class.xlsx </em>and <em>DataSet_Long Method.xlsx</em>)</li> <li><em>Annotators</em> – heuristics labelled by each of the annotators (1, 2, or 3).</li> <li><em>Heuristics </em>– whether the heuristic is applicable to the examined code snippet or not (Section 1.2.4 lists heuristics relevant for the Large Class detection, and Section 1.2.5 lists the heuristics relevant for the Long Method detection).</li> </ul>
Artifacts for the ISSTA 2022 Paper: An Empirical Study on the Effectiveness of Static C Code Analyzers for Vulnerability Detection
<p>This repository contains the evaluation script and the corresponding data of the ISSTA'22 paper "An Empirical Study on the Effectiveness of Static C Code Analyzers for Vulnerability Detection".</p>
Data for the Manuscripts of "Variability of Jakarta Rain-Rate Characteristics Associated with the Madden-Julian Oscillation and Topography" and "Subdaily Rain-Rate Properties in Western Java Analyzed Using C-Band Doppler Radar"
<p>This archive consists of the post-processed data of C-Band Doppler Radar (CDR) over Jakarta and surrounding regions for the studies of "Variability of Jakarta Rain-Rate Characteristics Associated with the Madden-Julian Oscillation and Topography" and "Subdaily Rain-Rate Properties in Western Java Analyzed Using C-Band Doppler Radar".</p> <p>The dataset is a gridded rainfall data derived from the local relationship of Z (reflectivity) from the CDR and rainfall (R) from stations. The derived rainfall data are in daily estimates from 2009 to 2012 with the format in NetCDF files.</p> <p>The CDR data were obtained from the projects “Hydrometeorological Array for Intraseasonal Variation-Monsoon Automonitoring (HARIMAU)” (JFY 2005-2009), and the Science Technology Research Partnership for Sustainable Development (SATREPS) “Maritime Continent Center of Excellence (MCCOE) (JFY 2009-2013) of the Japan Science and Technology Agency (JST)/Japan International Cooperation Agency(JICA) under a collaboration of the Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT)-Indonesia and Japan Agency for Marine-earth Science and Technology (JAMSTEC)-Japan.</p>
Data files for figures in "Deep learning extreme precipitation of the past, present, and under 1.5°C and 2.0°C global warming" by Bird et al. 2022
<p>The data files for figures in <em>Deep learning extreme precipitation of the past, present, and under 1.5°C and 2.0°C global warming</em> by Bird, Bodeker and Clem. The data files are provided either as self-describing netCDF files, or .csv files with column descriptors.</p>
The SPIN covid19 RMRIO dataset: Global trade network data for the years 2016-2026 reflecting macroeconomic effects of the covid19 pandemic - C. Data for 2020 - 2026 - Counterfactual scenario
<p>The SPIN covid19 RMRIO dataset is a time series of MRIO tables covering years from 2016-2026 on a yearly basis. The dataset covers 163 sectors in 155 countries.</p> <p>This repository includes data for years from 2020 to 2026 (<em>counterfactual</em> scenario).<br> Code, method material and data for years 2016-2019 are stored in the following repository: <a href="http://doi.org/10.5281/zenodo.5713811">10.5281/zenodo.5713811</a><br> Data for the <em>covid</em> scenario are stored in the following repository: <a href="https://doi.org/10.5281/zenodo.5713825">10.5281/zenodo.5713825</a></p> <p>Tables are generated using the <a href="https://github.com/TBeaufils/SPIN">SPIN method</a>, based on the <a href="https://doi.org/10.5281/ZENODO.3993659">RMRIO tables</a> for the year 2015, GDP, imports and exports data from the <a href="https://data.imf.org/?sk=4c514d48-b6ba-49ed-8ab9-52b0c1a0179b">International Financial Statistics</a> (IFS) and the World Economic Outlooks (WEO) of <a href="https://www.imf.org/en/Publications/WEO/weo-database/2019/October">October 2019</a> and <a href="https://www.imf.org/en/Publications/WEO/weo-database/2021/April">April 2021</a>.</p> <p>The<em> counterfactual</em> scenario is in line with October 2019 WEO's data and simulates the global economy without Covid 19.</p> <p>All tables are labelled in 2015 US$ and valued in basic prices.</p>
Vertebrate DNA damage tolerance requires the C-terminus but not BRCT or transferase domains of REV1: Additional Files
<p>Additional information for Ross et al. (2005) Vertebrate DNA damage tolerance requires the C-terminus but not BRCT or transferase domains of REV1 published in Nucleic Acids Research Volume 33, Issue 4 doi:10.1093/nar/gki279, requested by an anonymous poster on PubPeer.</p> <p>A description of the individual files can be found in the README.txt file</p>
COALMOD-World 2.0 data, results, figures for: Stranded assets and early closures in global coal mining under 1.5°C
<p>This dataset contains all COALMOD-World 2.0 data for Hauenstein (2023): Stranded assets and early closures in global coal mining under 1.5°C (doi.org/10.1088/1748-9326/acb0e5) </p> <p>With the input data files and the GAMS scenario file the model (https://doi.org/10.5281/zenodo.7077678) can be run to reproduce the model results.</p> <p>Furthermore, the output.zip folder contains the results file, the R code to compile the figures, and PDFs of the figures.</p>
Scribe of Ages: Playing with 6th to 13th c.-Iberian Manuscripts
<p><strong>Motivación</strong></p> <p>Hace muchísimo tiempo, creo que desde que me enteré de que la paleografía existía como ciencia y en qué consistía, que he tenido la ilusión de desarrollar <strong>un videojuego sobre manuscritos medievales</strong>. No soy muy del tema, pero los de temática histórica sí que tienen un hueco en casa y continúo aprendiendo gracias a ellos. Siempre me ha parecido increíblemente bonita la escritura como tal, desde un punto de vista meramente estético, y más aún cuando empezamos a pensar que es el resultado de gente que, ya sea como individuos o como sociedad, también se veían reflejados en ella. Cuanto más capturada estaba por la escritura, los manuscritos y la paleografía en sí, más me sorprendía que no lo estuviera todo el mundo.</p> <p>Cuando empecé a dar clase comencé a entender por qué. Y es que, aunque la carga estética sí es fácil de apreciar, las diferentes grafías y el idioma (véase el latín medieval apreciado por todos) hacían ya no solo prácticamente incomprensible, sino, y más importante, tedioso para los alumnos el acercarse a las fuentes manuscritas. Mi idea del videojuego cobró entonces más fuerza. Si conseguía meterles en la cabeza las <strong>abreviaturas</strong>, los diferentes tipos de <strong>alfabetos</strong>, como si fuera un juego, quizás verían los manuscritos con otros ojos. Pero, llevar a cabo algo así no es fácil. De hecho, ¡diseñar un videojuego es tremendamente difícil! A lo que me refiero es que ya no es solamente el tener la idea y saber cómo desarrollarla, sino tener el tiempo para hacerlo y, lo más importante de todo, desde mi punto de vista, no estar solo en la tarea; ya no por dividir la carga de trabajo entre varios, proponiendo, realizando y revisando entre todos los contenidos, sino el hecho de sentirse respaldado en lo que puede parecer, a priori, una locura absoluta. Pues bien, ahora que ya soy personal docente estable, ¡llegó el momento de secuestrar compañeros y volverse locos!</p> <p><strong>Una idea</strong></p> <p>Como firme defensora de la escritura visigótica, me desilusionaba mucho que los <a href="http://www.litteravisigothica.com/resources/learning-palaeography">recursos existentes online para practicar paleografía</a>, incluso los centrados en contenido medieval, hiciesen caso omiso de este tipo de escritura. Por otro lado, soy muy quisquillosa con el aspecto gráfico de las cosas y, practicar transcripción, que ya es duro, en un entorno digital funcional pero aburrido (¡con excepciones!) me hace simpatizar con los estudiantes en su reticencia. Había (hay) mucho trabajo que hacer.</p> <p><strong>El año pasado empecé a desarrollar la idea del videojuego</strong> ya con la firme intención de llevarla a cabo porque realmente pensaba que los alumnos no solo necesitaban una herramienta de aprendizaje más dinámica, sino que la iban a agradecer. Desde el principio tuve claro que tenía que reunir un equipo de colaboradores interdisciplinar, porque la paleografía no lo es todo y no sirve de nada sin la historia y la filología (entre otras ciencias). Compañeros de la USAL se unieron: <a href="https://ataemhis.usal.es/portfolio-item/martin-viso-inaki/">Iñaki Martín Viso</a>, <a href="https://ataemhis.usal.es/portfolio-item/luis-corral-fernando/">Fernando Luis Corral</a>, <a href="https://dialnet.unirioja.es/servlet/autor?codigo=103778">Gregorio del Ser Quijano</a>, <a href="https://usal.academia.edu/Mar%C3%ADaAdelaidaAndr%C3%A9sSanz">Mª Adelaida Andrés Sanz</a>, <a href="https://usal.academia.edu/ValeroMorenoJuanMiguel">Juan Miguel Valero Moreno</a> y <a href="https://usal.academia.edu/DavidPaniagua">David Paniagua Aguilar</a>.</p> <p>Nuestra primera tarea fue determinar los<strong> objetivos prácticos del juego</strong> y, partiendo de éstos, <strong>cómo presentarlos al jugador</strong>. ¿De qué va el juego? Pues bien, Scribe of Ages (Littera en su versión beta), el juego, tiene como finalidad esencial introducir a los alumnos al trabajo directo con los <strong>alfabetos</strong>, <strong>sistema abreviativo</strong>, y <strong>textos</strong> de contexto peninsular de entre los <strong>siglos VI y XIII</strong>. Esto significa que tanto las escrituras uncial, semiuncial, carolina y gótica libraria, y no solamente la escritura visigótica, están representadas. Partiendo de esta base, necesitábamos hacer una selección de fuentes sobre las que trabajar cada aspecto. ¿Cómo? Tras darle muchas vueltas, decidimos seleccionar un códice representativo de cada uno de estos siglos, dejando para más adelante los diplomas. Había que empezar por algún sitio. Decidimos que, de cada ejemplo, añadiríamos una <strong>introducción explicativa</strong> de su contexto, añadiendo enlaces a libros, artículos, videos… cualquier recurso que sirviese para que el jugador entendiese qué estaba viendo más allá de aprender lo básico del trabajo con fuentes.</p> <p>Cuando teníamos algo que enseñar, sobre papel, fue fundamental el <strong>apoyo excepcional que recibimos por parte de los archivos</strong>: <a href="https://www.bnf.fr/fr">Bibliothèque nationale de France</a>, <a href="http://rbme.patrimonionacional.es/">Real Biblioteca del Monasterio de San Lorenzo de El Escorial</a>, <a href="https://digi.vatlib.it/">Biblioteca Apostólica Vaticana</a>, <a href="https://www.rah.es/">Real Academia de la Historia (Madrid)</a>, <a href="https://www.library.manchester.ac.uk/">University of Manchester (John Rylands Library)</a>, <a href="https://www.bl.uk/">The British Library</a> y <a href="http://www.bne.es/es/Inicio/index.html">Biblioteca Nacional de España</a> (Madrid). No solamente nos brindaron su ayuda (recursos gráficos) de forma gratuita, es más, recibieron la idea con entusiasmo.</p> <p>Teníamos los manuscritos, los textos contextuales, la idea de los minijuegos que formarían cada etapa de Littera, uno para practicar el alfabeto, otro para las abreviaturas, otro para la transcripción… Faltaba el equipo de <strong>desarrollo técnico</strong>.</p> <p>Scribe of Ages no habría sido posible, y no lo será en el futuro, sin la colaboración de <a href="http://andresdepedro.com/">Andrés de Pedro</a>, que desde el principio acogió la idea con una energía tremenda y que, gracias a su experiencia profesional, ha madurado mucho más allá de lo que era inicialmente. Con Andrés vino <a href="https://jorgeperal.tumblr.com/">Jorge Peral</a>, que supo plasmar el diseño que tenía en mente con una rapidez y perfección impresionantes. Y, cuando ya la cosa empezaba a tomar forma, se sumó otro componente fundamental del equipo, <a href="http://cristinaraurich.cat/">Cristina Alís</a>, que, desinteresadamente, ha proporcionado (y quiero decir ha grabado) toda la música ambiental de Scribe of Ages. Si los alumnos/jugadores están más de 3 horas seguidas jugando (sus propios comentarios) es por su excelente trabajo.</p> <p><strong>Primeros resultados</strong></p> <p>Cuando ya tuvimos una versión beta de Scribe of Ages, invité a los <strong>alumnos de paleografía</strong> del grado en historia de la USAL a que lo probasen y la experiencia ¡resultó ser todo un hito! Jugaron, superaron cada etapa, aprendieron, se picaron entre ellos, y completaron lo que para nosotros había sido el trabajo de meses en unos pocos días. Lo más importante, nos animaron a ampliarlo, desarrollarlo más, completarlo y, en fin, llevaron la idea inicial a la siguiente etapa. Por tener una segunda opinión, también se abrió Littera a un grupo selecto de <strong>beta testers</strong> externos a través de convocatoria en Twitter, que super rápidamente se vio sobrepasada con más de cien personas pidiendo jugar. Ambas experiencias han demostrado que este tipo de recursos resultan indispensables en nuestro marco docente. Todos los alumnos constataron una mejoría indiscutible en sus habilidades en el trabajo con fuentes. De hecho, la nota media del curso subió considerablemente. Y mejoraron jugando. En la cafetería, en casa, entre asignaturas, casi por casualidad.</p> <p>Algo fundamental que nos dejó la primera ronda de testeo es darnos cuenta de que estábamos equivocados en una cosa; no habíamos caído en algo. Enfocamos el juego a nuestros alumnos, pero nos encontramos con <strong>alumnos de otras materias</strong>, de física, psicología, medicina, con <strong>gente de fuera del ámbito universitario</strong>, que también disfrutaban jugando. Tuvimos que darle una vuelta, y en ello estamos; este próximo año,</p> <p><strong>Scribe of Ages será una historia gráfica completa, con su personaje principal y su archienemigo, en el que el jugador se verá envuelto en una búsqueda paleográfico-histórica a través de la edad media peninsular resolviendo puzles y, de paso, mejorando sus habilidades de transcripción… El año que viene.</strong></p> <p><strong>Beneficios para el docente</strong></p> <p>El hecho de desarrollar y usar Scribe of Ages en clase, me ha llevado a ponderar dos aspectos que, a simple vista, no había considerado con tanta profundidad previamente.</p> <p>En primer lugar, la <strong>metodología docente de cada uno de los profesores que enseñamos fuentes manuscritas, dejando a un lado por un momento la especialidad, es diferente</strong>. Para unos, lo fundamental es conseguir que los alumnos realicen una transcripción medianamente potable y, para ello, dedican toda su energía a practicar transcripciones incansablemente en las horas de clase. Para otros, como es mi caso, la intención última es que aprecien los manuscritos con una opinión lo suficientemente formada que les capacite para acercarse a su contexto, que entiendan qué es un sistema gráfico y qué implicaciones tiene dado un contexto histórico determinado. Desde mi punto de vista, hacer bien una transcripción no tiene mucho que ver, aunque, por supuesto, es deseable, con ser un buen paleógrafo.</p> <p>En segundo lugar, <strong>es tremendamente aburrido tener que ceñirse a un programa docente</strong>. Separar la docencia de la investigación es erróneo y cansino, y nuestra falta de entusiasmo en clase se transmite con muchísima facilidad. Los alumnos han de saber en qué estamos trabajando, qué se está haciendo en el campo y por qué. Me parece fundamental mostrarles que la ciencia paleográfica, fuera de ser algo rígido, es cambiante y evoluciona constantemente.</p> <p>En ambos sentidos, Scribe of Ages ha resultado una buena herramienta para reflexionar sobre nuestra labor y cómo mejorarla. Partiendo de las clases presenciales, los alumnos han podido centrarse en la escritura en sí y en su contexto, en la transcripción de un texto específico, o en ambos. Pudiendo incorporar material casi automáticamente a la plataforma, incluso artículos recientes podían referenciarse con explicaciones específicas a las que el docente puede dirigir a los alumnos. Aún estamos dando los primeros pasos, pero, sin duda, está mereciendo la pena.</p> <p>Por ahora, Scribe of Ages es accesible solamente a nuestros alumnos. Queremos aprender cómo mejorar antes de abrir el juego a todos. Esperamos que, próximamente, podamos compartirlo y, espero, porque sigo teniendo más ideas locas, hacerlo aún más grande.</p>
Arctic Cyclones and Climate Change Cases A-C
<p>Weather Research and Forecasting Model (v3.9.1.1) set up namelists and simulation output data used to analyze the effect of climate change on spring Arctic Cyclone characteristics for cyclone cases A-C. This dataset is made available to accompany the Nature Communications paper "<strong>The Influence of Recent and Future Climate Change on Spring Arctic Cyclones"</strong> by Parker et al. 2022 <a href="https://doi.org/10.1038/s41467-022-34126-7">https://doi.org/10.1038/s41467-022-34126-7</a> . See associated Zenodo datasets for other Cyclone cases in this work: 10.5281/zenodo.7131287; 10.5281/zenodo.7126117.</p>
json AST of a C file
<p>This piece of code is randomly chosen in Software Heritage popular piece of code. It is selected<br> by the size of its AST.</p> <p>To generate the AST the command is:</p> <p><br> `clang -Xclang -ast-dump=json -fsyntax-only parse_date.c > ast.json`</p>
Database with GRTS sampling design used for the C-Mon project.
<p> A SQLite database holding a realisation of a GRTS design using the principles of Reverse Randomized Quadrant-Recursive Raster method (Theobold et al 2007). The database covers a square 2D grid with 32768 (2^15) pixels in both dimensions. This allows aselect and spatially balanced sampling in <a href="https://www.openstreetmap.org/relation/53134">Flanders</a> (Belgium) at 10 x 10 m resolution. In the framework of the C-Mon project, selection of plots for sampling soil organic carbon (SOC) stocks over all landuses is performed based on this realisation. It is envisaged that the plots will be monitored over decades to quantify SOC stock changes over time, along with landuse changes. . </p> <p>The R script used to generate the database and to sample from the database is provided. The algorithm itself is available on <a href="https://github.com/inbo/grtsdb/releases/tag/v0.1">GitHub</a> (10.5281/zenodo.2784016).</p> <p>The C-Mon project, entitled (in Dutch): 'Actualisatie van de onderbouwing van een methodiek voor de systematische monitoring van koolstofvoorraden in de bodem' was financed by the Department Vlaams Planbureau voor Omgeving from the Flemish Government. Project-ID: OMG/VPO/BODEM/TWOL/2017/1 </p>
Supplementary material 3 from: Bongard C, Butler K, Fulthorpe R (2013) Investigation of fungal root colonizers of the invasive plant Vincetoxicum rossicum and co-occurring local native plants in a field and woodland area in Southern Ontario. Nature Conservation 4: 55-76. https://doi.org/10.3897/natureconservation.4.3578
Supplementary material 3 from: Bongard C, Butler K, Fulthorpe R (2013) Investigation of fungal root colonizers of the invasive plant Vincetoxicum rossicum and co-occurring local native plants in a field and woodland area in Southern Ontario. Nature Conservation 4: 55-76. https://doi.org/10.3897/natureconservation.4.3578
The C-terminus of the oncoprotein TGAT is necessary for plasma membrane association and efficient RhoA-mediated signaling
<p>The figures and raw data that are presented in the paper "<strong>The C-terminus of the oncoprotein TGAT is necessary for plasma membrane association and efficient RhoA-mediated signaling</strong>"</p>
DFT Calculated xyz and log Files as well as csv Files for Machine Learning in Support of "Tailoring Phosphine Ligands for Improved C H Activation: Insights from Δ-Machine Learning"
<p>Transition metal complexes have played crucial roles in various homogeneous catalytic processes due to their exceptional versatility. This adaptability stems not only from the central metal ions but also from the vast array of choices of the ligand spheres, which form an enormously large chemical space. For example, Rh complexes, with a well-designed ligand sphere, are known to be efficient in catalyzing the C-H activation process in alkanes. To investigate the structure-property relation of the Rh complex and identify the optimal ligand that minimizes the calculated reaction energy ΔE of an alkane C-H activation, we have applied a Δ-Machine Learning method trained on various features to study 1,743 pairs of reactants (Rh(PLP)(Cl)(CO)) and intermediates (Rh(PLP)(Cl)(CO)(H)(propyl)). Our findings demonstrate that the models exhibit robust predictive performance when trained on features derived from electron density (R<sup>2 </sup>= 0.816), and SOAPs (R<sup>2 </sup>= 0.819), a set of position-based descriptors. Leveraging the model trained on xTB-SOAPs that only depend on the xTB-equilibrium structures, we propose an efficient and accurate screening procedure to explore the extensive chemical space of bisphosphine ligands. By applying this screening procedure, <a>we identify ten newly selected reactant-intermediate pairs with an average ΔE </a>of 33.2 kJ mol<sup>-1</sup>, remarkably lower than the average ΔE of the original data set of 68.0 kJ mol<sup>-1</sup>. This underscores the efficacy of our screening procedure in pinpointing structures with significantly lower energy levels.</p> <p>_______________________________________________________________________</p> <p>The dataset contains three file types:</p> <p>Version 1.0:</p> <ol> <li>xyz files of the final optimized Rh-phosphine complexes; one set for the starting materials denoted as "molecule-XXXX_4-times" and one set for the intermediates after C-H activation denoted as "molecule-XXXX_6-times"</li> <li>Gaussian16 log files for the optimization process; one set for the starting materials denoted as "molecule-XXXX_4-times" and one set for the intermediates after C-H activation denoted as "molecule-XXXX_6-times"</li> <li>csv files containing the per molecule features used for training the different machine learning models. The name of the csv files indicates which property was predicted and which model was used</li> </ol> <p>New in version 1.1 (other data is unchanged):</p> <ol> <li>Gaussian16 log files for the ten newly identified bisphosphine ligands; one set for the product material denoted as "LXX_6-times-axial" and one set for the transition state for the C-H activation denoted as "LXX_C-H-activation_TS"</li> </ol>
A data set on "Utilizing Constant Energy Difference between sp-Peak and C 1s Core Level in Photoelectron Spectra for Unambiguous Identification and Quantification of Diamond Phase in Nanodiamonds"
<p>The data set to paper: </p> <p>Utilizing Constant Energy Difference between sp-Peak and C 1s Core Level in Photoelectron Spectra for Unambiguous Identification and Quantification of Diamond Phase in Nanodiamonds</p> <p>Oleksandr Romanyuk1,*, Štěpán Stehlík1,2, Josef Zemek1, Kateřina Aubrechtová Dragounová1,3 and Alexander Kromka1</p> <p>1 Institute of Physics of the Czech Academy of Sciences, Cukrovarnická 10, 162 00 Prague, Czech Republic<br>2 New Technologies—Research Centre, University of West Bohemia, Univerzitní 8, 306 14 Pilsen, Czech Republic<br>3 Faculty of Nuclear Sciences and Physical Engineering, Czech Technical University in Prague, Břehová 7, 115 19 Prague, Czech Republic</p> <p>* corresponding author: romanyuk@fzu.cz</p> <p>Data manager: Kristýna Dostálová: dostalovak@fzu.cz</p> <p>Date of data collection: 1. 1. 2024 - 15. 03. 2024</p> <p>All the data showed in the pictures are provided in X-Y format with described sample. Always, the respective Figure to which the data belong is provided in high resolution. <br>The data are in the following formats: <br>Figure 1: tiff, csv<br>Figure 2: tiff, csv<br>Figure 3: tiff, csv<br>Figure 4: tiff, csv<br>Figure 5: tiff, csv</p> <p>Data acquistion and processing is provided in the Experimental part in the publication: DOI:10.3390/nano14070590</p>
Soil C models for evaluating the effect of cover crops
<p>Excel implementation and dataset for three C cycling models: </p> <ul> <li>Yasso20: monthly simulation version</li> <li>SOMIC 1.0: excel implementation with both simple time step and Euler-Heng iteration</li> <li>Single pool simulation model</li> <li>In addition input files for DNDC.Can.9.5.8 for one of the farms. </li> </ul> <p>There are three versions of the SOMIC model: </p> <ol> <li>The Zip file contains the operational version of the files for the cover crop experiment example and an </li> <li>_Euler-Heng version is an alternative version of the numerical simulation, which can be unstable (feel free to improve, do not use for simulation as such)</li> <li>The _MC version is a Monte Carlo uncertainty analysis implementation for one farm. (Using Simulacion 4.0 <a href="https://ucema.edu.ar/~jvarela/index_eng.htm">https://ucema.edu.ar/~jvarela/index_eng.htm</a>) </li> </ol> <p>The models are applied to an cover crop experiment, where four farms tested cover crops for 5 years. The corresponding article is submitted to Soil Use and Management. The C input estimation zip is used to translate recorded yield and cover crop NDVI data to time series of C inputs used for the models. </p> <ul> <li>The Yasso20 model implementation is based on Yasso20 model code: <a href="https://github.com/YASSOmodel/Yasso20/tree/main">https://github.com/YASSOmodel/Yasso20/tree/main</a></li> <li>The SOMIC model implementation is based on: <a href="https://github.com/domwoolf/somic1">https://github.com/domwoolf/somic1</a></li> <li>The single pool model is as described in: <a href="https://doi.org/10.1016/j.still.2021.105204">https://doi.org/10.1016/j.still.2021.105204</a></li> <li>The DNDC.Can model version can be downloaded from: <a href="https://github.com/BrianBGrant/DNDCv.CAN">https://github.com/BrianBGrant/DNDCv.CAN</a></li> </ul> <p>All the models are capable of simulating time series of soil C development over time, as influenced by C inputs, starting SOC and soil temperature and moisture. They are presented here for the purpose of further model development and comparison, not for making accurate forecasts. </p> <p> </p> <p></p> <p></p> <p></p>
Dataset: Intercomparison of flux, gradient, and variance-based optical turbulence ($C_n^2$) parameterizations
<p>This repository contains the dataset for the manuscript</p> <p>Pierzyna, M, et al. "Intercomparison of flux, gradient, and variance-based optical turbulence (Cn2) parameterizations." <em>Applied Optics</em>, 2024. <a href="https://doi.org/10.1364/AO.519942">https://doi.org/10.1364/AO.519942</a></p> <p>The data is organized in the following structure:</p> <ul> <li>`met_cn2_*_10m.nc`: netCDF files containing Cn2 estimated from meteorological data obtained at the CESAR site<br> using the flux-based and gradient-based methods at the 10 m level.</li> <li>`wrf_cn2_*.nc`: netCDF files containing Cn2 estimated from WRF model output using the variance-based method (80m)<br> and flux, gradient, and variance-based methods (10m).</li> <li>`wrf_meteo_*.nc`: netCDF files containing a cross-section of CESAR site extracted from WRF model output. This data<br> serves as input for `wrf_cn2_*.nc` files.</li> </ul>
Structural conversion of the spidroin C-terminal domain during assembly of spider silk fibers
<p>GENERAL INFORMATION<br>- Dataset title: Structural conversion of the spidroin C-terminal domain during assembly of spider silk fibers<br>- Description: The dataset contains raw data associated with the publication with the same name, accepted for publication in Nature Communications.<br>- Authors: Danilo Hirabae De Oliveira, Vasantha Gowda, Tobias Sparrman, Linnea Gustafsson, Rodrigo Sanches Pires, Christian Riekel, Andreas Barth, Christofer Lendel, My Hedhammar </p> <p>ORGANIZATION<br>The folder contains zip-files for each figure in the publication. Each zip-file contains data and a .txt file describing the content, the methods for data acquisition and analysis, and the file types.</p> <p><br>DATA COLLECTION<br>Data collection and analysis is described in the paper and in the .txt files included in each zip-file.</p>
ScienceDex guides
Understand access before you commit
These curated guides explain access requirements, typical timelines, costs, and reuse considerations for widely used research datasets.
Allen Brain Atlas
Allen Brain Atlas is an Allen Institute collection of brain map atlases, datasets, APIs, and analysis tools covering mouse, human, and non-human primate brain resources.
Annotated Behaviour and Observability Dataset (ABODe)
ABODe is a University of Edinburgh DataShare dataset for behavior classification in group-housed mice using home-cage video, identities, bounding boxes, ground-plate positions, and annotator labels.
DANDI Archive for NWB datasets
DANDI is a BRAIN Initiative archive for publishing and sharing neurophysiology data, including electrophysiology, optophysiology, and behavioral data packaged as NWB and related standards.
International Brain Laboratory public data
The International Brain Laboratory public data releases expose standardized mouse decision-making experiments, including Neuropixels recordings, widefield calcium imaging, behavior, and session metadata accessed through the ONE API.
OpenNeuro
OpenNeuro is a free, open platform for sharing neuroimaging datasets, with public search, dataset pages, and download paths for web, S3, DataLad, and the OpenNeuro CLI.