Find research datasets worth reusing

Generated Data for the Manuscript "Nonideality-Aware Training for Accurate and Robust Low-Power Memristive Neural Networks"

The file contains data generated and referred to in the text and the figures of the manuscript.

opencc-by-4.0Apr 2022View details →

Data associated with the Tectonics manuscript "Building a Young Mountain Range: Insight into the Growth of the Greater Caucasus Mountains from Detrital Zircon (U-Th)/He Thermochronology and 10Be Erosion Rates"

U-Pb and U-Th/He ages of zircons from a suite of detrital catchments reported in the manuscript "Building a Young Mountain Range: Insight into the Growth of the Greater Caucasus Mountains from Detrital Zircon (U-Th)/He Thermochronology and 10Be Erosion Rates" submitted to Tectonics. Repository includes sample locations and DEMs of each sampled catchment.

opencc-by-4.0May 2022View details →

cgiotis/palimpsest_memories: Dataset and Code Material for "Palimpsest Memories Stored in Memristive Synapses" Manuscript."

Dataset and code material for the "Palimpsest Memories Stored in Memristive Synapses" manuscript, currently available on ArXiv. This repository currently contains instructions and the necessary dataset to recreate Figures 1 and 2 from the paper, as well as parametric code to recreate the simulation results and generate the relevant plots (Figures 3 and 4).

Globally-gridded data for manuscript: Global stocks and capacity of mineral-associated soil organic carbon

Supporting globally-gridded data products for manuscript: Georgiou K., Jackson R. B., Vindu&scaron;ková O., Abramoff R. Z., Ahlström A., Feng W., Harden J. W., Pellegrini A. F. A., Polley H. W., Soong J. L., Riley W. J., Torn M. S. Global stocks and capacity of mineral-associated soil organic carbon. Nature Communications, 2022. We leveraged data from a global synthesis of soil fractionation measurements (DOI: 10.5281/zenodo.5987415) along with ancillary data on climate, vegetation, and soil characteristics to produce spatially-explicit global estimates of mineral-associated soil organic carbon stocks (MOC) and mineralogical carbon capacity (MOCmax) in non-permafrost, non-desert mineral soils. Globally-gridded datasets are given in kgC/m2 for topsoil (0-30cm) and subsoil (30-100cm) at 0.5 degree by 0.5 degree spatial resolution.

Synthesis data for manuscript: Global stocks and capacity of mineral-associated soil organic carbon

Supporting synthesis data for manuscript: Georgiou K., Jackson R. B., Vindu&scaron;ková O., Abramoff R. Z., Ahlström A., Feng W., Harden J. W., Pellegrini A. F. A., Polley H. W., Soong J. L., Riley W. J., Torn M. S. Global stocks and capacity of mineral-associated soil organic carbon. Nature Communications, 2022. We performed an observational synthesis of soil fractionation data constituting 1,144 globally-distributed soil profiles from 78 studies that reported fractionation and bulk measurements of organic carbon across depths. This dataset includes measurements of mineral-associated, particulate, and bulk soil organic carbon, as well as ancillary data on edaphic, climate, and vegetation characteristics. We also performed a separate observational synthesis of soil carbon accrual from manipulation and chronosequence studies, which included changes in carbon stocks or concentrations, bulk density, experimental duration, and edaphic properties. This latter synthesis included 103 observations from 34 studies that spanned crop, pasture, grassland, and forest ecosystems across climates and soil types. Further details for both syntheses can be found in the methods and supplementary materials of the associated manuscript.

opencc-by-4.0Mar 2022View details →

Data set for the manuscript 'Robustness Analysis of Metasurfaces: Perfect Structures are not always the Best'

In this data set, there are 1 PDF, 3 m-files, and 3 zip files. The manuscript (Readme document.pdf) contains three sections: Quasi-analytical model (analytical_model_EnergyConservation.m), post-processing full-wave simulations (post_processing_from_COMSOL.m), and post-processing experimental data (post_processing_from_experiment.m). Each Matlab code is explained in this manuscript. Corresponding raw data (COMSOL simulation data for reflective metallic metasurfaces.zip, COMSOL simulation data for transmitive dielectric metasurfaces.zip, and experimental data.zip) are attached. One can move the required m-file into the folder and run the m-file directly. In the COMSOL simulation data.zip file, one can find two COMSOL files, which retain the settings for simulation and extracting the required data.  The Matlab codes are implemented with version R2018b. The COMSOL files are created with version COMSOL Multiphysics 5.6.

opencc-by-4.0May 2022View details →

Data for manuscript "Creating boundaries along a synthetic frequency dimension" in Nature Communications

Data for manuscript "Creating boundaries along a synthetic frequency dimension" https://www.nature.com/articles/s41467-022-31140-7 https://arxiv.org/abs/2203.11296

Supplementary data for manuscript titled: "Radiolitid Rudists: An Underestimated Archive for Cretaceous Climate Reconstruction"

Supplementary data for manuscript titled: "Radiolitid Rudists: An Underestimated Archive for Cretaceous Climate Reconstruction" Containing raw stable isotope and trace element data used in the study

Underlying Data for Manuscript titled "Hydrothermal Carbonization (HTC) of Dairy Waste: Effect of Temperature and Initial Acidity on the composition and quality of solid and liquid products"

The embodied files include the raw data and initial calculations used to generate the extended data for Manuscript titled "Hydrothermal Carbonization (HTC) of Dairy Waste: Effect of Temperature and Initial Acidity on the composition and quality of solid and liquid products". The files include calculations for Phosphorus Recovery from Hydrochar, as well as Heavy Metals Fractions retrieved by the hydrochar (solid product of Hydrothermal Carbonization).

PALEODEM/ Supplementary materials of the manuscript "Unraveling Early Holocene occupation patterns at El Arenal de la Virgen (Alicante, Spain) open-air site: an integrated palimpsest analysis"

This repository hosts the R code scripts and datasets that allow reproducibility and replicability of the intra-site spatial analyses implemented in the paper: Rabuñal, J.R., Gómez-Puche, M., Polo-Díaz, A., Fernández-López de Pablo, J., 2022. Unraveling Early Holocene occupation histories at open-air sites through integrated chronological, archaeostratigraphical, lithic refitting and spatial analyses: the Arenal de la Virgen (Villena, Alicante) study case. SocArXiv. Contents: AV_Spatial_database.xlsx: main dataset for the intra-site spatial analysis. AV_Lcross_database.xlsx: dataset for the implementation of the cross-type L function. AV_2clusters.rds: dataset for the calculation of the artifact metrics. AV_MovingWindow_Results.csv: dataset with the results of the calculation of the Burnt Microdebris Index and its spatial autocorrelation analysis. AV_DBSCAN_Separation.R: R file containing the code used for the separation of the lithic spatial distribution using the DBSCAN automated density-based clustering algorithm. AV_Spatial_analysis.R: R file containing the code used for the intra-site spatial analysis. AV_MWA_Moran.R: R file containing the code for implementing the calculation and spatial autocorrelation analysis of the Burnt Microdebris Index.

opencc-by-4.0Jul 2021View details →

Data for the "Cirrus cloud thinning using a more physically-based ice microphysics scheme in the ECHAM-HAM GCM" manuscript

This repository contains the post-processed data files for plotting and interpreting the results of "Cirrus cloud thinning using a more physically-based ice microphysics scheme in the ECHAM-HAM GCM" study. The files are all netCDF4 except for the analysis files that show global mean values in a .txt format. The Version 3 & Version 4 tar files are smaller than Version 2 as we performed some code clean-up for some post-processing scripts that excluded redundant data files that were very large and that were not used for plotting or the analysis for the manuscript.

opencc-by-4.0Jul 2022View details →

Data for the Manuscripts of "Variability of Jakarta Rain-Rate Characteristics Associated with the Madden-Julian Oscillation and Topography" and "Subdaily Rain-Rate Properties in Western Java Analyzed Using C-Band Doppler Radar"

This archive consists of the post-processed data of C-Band Doppler Radar (CDR) over Jakarta and surrounding regions for the studies of "Variability of Jakarta Rain-Rate Characteristics Associated with the Madden-Julian Oscillation and Topography" and "Subdaily Rain-Rate Properties in Western Java Analyzed Using C-Band Doppler Radar". The dataset is a gridded rainfall data derived from the local relationship of Z (reflectivity) from the CDR and rainfall (R) from stations. The derived rainfall data are in daily estimates from 2009 to 2012 with the format in NetCDF files. The CDR data were obtained from the projects “Hydrometeorological Array for Intraseasonal Variation-Monsoon Automonitoring (HARIMAU)” (JFY 2005-2009), and the Science Technology Research Partnership for Sustainable Development (SATREPS) “Maritime Continent Center of Excellence (MCCOE) (JFY 2009-2013) of the Japan Science and Technology Agency (JST)/Japan International Cooperation Agency(JICA) under a collaboration of the Agency for the Assessment and Application of Technology (BPPT)-Indonesia and Japan Agency for Marine-earth Science and Technology (JAMSTEC)-Japan.

Raw data for the manuscript "Experimental Higher-Order Interference in a Nonlinear Triple Slit"

This folder contains the raw data and analysis coded need to reproduce all of the major results in the manuscript "Experimental Higher-Order Interference in a Nonlinear Triple Slit".  The folder "matlab" contains the data and code used to produce all of the main data figures in the paper. The various script load the data, and plots the final results used in the paper.  The folder "mathematica" contains the scripts to implement our 4-th order perturbative quantum solution.  There is one script to fit to experimental data to find the effective nonlinearity, and another to generate the dependence of the different terms if kappa as a function of Z.  The result is plotted in the matlab script found in the directory "matlab\quantum"

Historic manuscript page images with noisy labels

Images of digitised manuscript pages sourced from <a href="https://iiif.biblissima.fr/collections/">https://iiif.biblissima.fr/collections/</a>. This dataset aims to facilitate experiments using existing data/metadata to train computer vision models. In particular, using 'noisy' labels in some capacity. Each image is taken from a page of a manuscript listed on <a href="https://iiif.biblissima.fr/collections/">https://iiif.biblissima.fr/collections/</a>. Each example includes the labels included in the IIIF manifests for these images. The data includes the following columns: <ul> <li>image: an IIIF URL for the image</li> <li>manifest_url: A URL for the IIIF manifest for the image</li> <li>license: for each image</li> <li>label: the text found in the manifest 'label' field.</li> <li>attribution: which institution the image comes from</li> </ul>

Yellow-feathered broilers Testes Manuscript Figures and Table 1_Supplamentary Materials

The compressed Zip file contains Table 1 of the manuscript to serve as Supplementary Materials for Article publication in addition to all manuscript Figures. Figures presenting Graphs of the Testes and Seminiferous tubules Morphometry have been added.

opencc-by-4.0Sep 2022View details →

Data set for the manuscript 'Polarization-controlled chromo-encryption'

In this dataset, there are 1 pdf and 2 zip files. The manuscript (Zenodo OpenData for chromo encryption.pdf) contains the figures of simulated and measured spectra. The corresponding raw data can refer to the 2 zip files (Simulated.zip and Measured.pdf).

opencc-by-4.0Oct 2020View details →

Scribe of Ages: Playing with 6th to 13th c.-Iberian Manuscripts

Motivación Hace muchísimo tiempo, creo que desde que me enteré de que la paleografía existía como ciencia y en qué consistía, que he tenido la ilusión de desarrollar un videojuego sobre manuscritos medievales. No soy muy del tema, pero los de temática histórica sí que tienen un hueco en casa y continúo aprendiendo gracias a ellos. Siempre me ha parecido increíblemente bonita la escritura como tal, desde un punto de vista meramente estético, y más aún cuando empezamos a pensar que es el resultado de gente que, ya sea como individuos o como sociedad, también se veían reflejados en ella. Cuanto más capturada estaba por la escritura, los manuscritos y la paleografía en sí, más me sorprendía que no lo estuviera todo el mundo. Cuando empecé a dar clase comencé a entender por qué. Y es que, aunque la carga estética sí es fácil de apreciar, las diferentes grafías y el idioma (véase el latín medieval apreciado por todos) hacían ya no solo prácticamente incomprensible, sino, y más importante, tedioso para los alumnos el acercarse a las fuentes manuscritas. Mi idea del videojuego cobró entonces más fuerza. Si conseguía meterles en la cabeza las abreviaturas, los diferentes tipos de alfabetos, como si fuera un juego, quizás verían los manuscritos con otros ojos. Pero, llevar a cabo algo así no es fácil. De hecho, ¡diseñar un videojuego es tremendamente difícil! A lo que me refiero es que ya no es solamente el tener la idea y saber cómo desarrollarla, sino tener el tiempo para hacerlo y, lo más importante de todo, desde mi punto de vista, no estar solo en la tarea; ya no por dividir la carga de trabajo entre varios, proponiendo, realizando y revisando entre todos los contenidos, sino el hecho de sentirse respaldado en lo que puede parecer, a priori, una locura absoluta. Pues bien, ahora que ya soy personal docente estable, ¡llegó el momento de secuestrar compañeros y volverse locos! Una idea Como firme defensora de la escritura visigótica, me desilusionaba mucho que los <a href="http://www.litteravisigothica.com/resources/learning-palaeography">recursos existentes online para practicar paleografía</a>, incluso los centrados en contenido medieval, hiciesen caso omiso de este tipo de escritura. Por otro lado, soy muy quisquillosa con el aspecto gráfico de las cosas y, practicar transcripción, que ya es duro, en un entorno digital funcional pero aburrido (¡con excepciones!) me hace simpatizar con los estudiantes en su reticencia. Había (hay) mucho trabajo que hacer. El año pasado empecé a desarrollar la idea del videojuego ya con la firme intención de llevarla a cabo porque realmente pensaba que los alumnos no solo necesitaban una herramienta de aprendizaje más dinámica, sino que la iban a agradecer. Desde el principio tuve claro que tenía que reunir un equipo de colaboradores interdisciplinar, porque la paleografía no lo es todo y no sirve de nada sin la historia y la filología (entre otras ciencias). Compañeros de la USAL se unieron: <a href="https://ataemhis.usal.es/portfolio-item/martin-viso-inaki/">Iñaki Martín Viso</a>, <a href="https://ataemhis.usal.es/portfolio-item/luis-corral-fernando/">Fernando Luis Corral</a>, <a href="https://dialnet.unirioja.es/servlet/autor?codigo=103778">Gregorio del Ser Quijano</a>, <a href="https://usal.academia.edu/Mar%C3%ADaAdelaidaAndr%C3%A9sSanz">Mª Adelaida Andrés Sanz</a>, <a href="https://usal.academia.edu/ValeroMorenoJuanMiguel">Juan Miguel Valero Moreno</a> y <a href="https://usal.academia.edu/DavidPaniagua">David Paniagua Aguilar</a>. Nuestra primera tarea fue determinar los objetivos prácticos del juego y, partiendo de éstos, cómo presentarlos al jugador. ¿De qué va el juego? Pues bien, Scribe of Ages (Littera en su versión beta), el juego, tiene como finalidad esencial introducir a los alumnos al trabajo directo con los alfabetos, sistema abreviativo, y textos de contexto peninsular de entre los siglos VI y XIII. Esto significa que tanto las escrituras uncial, semiuncial, carolina y gótica libraria, y no solamente la escritura visigótica, están representadas. Partiendo de esta base, necesitábamos hacer una selección de fuentes sobre las que trabajar cada aspecto. ¿Cómo? Tras darle muchas vueltas, decidimos seleccionar un códice representativo de cada uno de estos siglos, dejando para más adelante los diplomas. Había que empezar por algún sitio. Decidimos que, de cada ejemplo, añadiríamos una introducción explicativa de su contexto, añadiendo enlaces a libros, artículos, videos… cualquier recurso que sirviese para que el jugador entendiese qué estaba viendo más allá de aprender lo básico del trabajo con fuentes. Cuando teníamos algo que enseñar, sobre papel, fue fundamental el apoyo excepcional que recibimos por parte de los archivos: <a href="https://www.bnf.fr/fr">Bibliothèque nationale de France</a>, <a href="http://rbme.patrimonionacional.es/">Real Biblioteca del Monasterio de San Lorenzo de El Escorial</a>, <a href="https://digi.vatlib.it/">Biblioteca Apostólica Vaticana</a>, <a href="https://www.rah.es/">Real Academia de la Historia (Madrid)</a>, <a href="https://www.library.manchester.ac.uk/">University of Manchester (John Rylands Library)</a>, <a href="https://www.bl.uk/">The British Library</a> y <a href="http://www.bne.es/es/Inicio/index.html">Biblioteca Nacional de España</a> (Madrid). No solamente nos brindaron su ayuda (recursos gráficos) de forma gratuita, es más, recibieron la idea con entusiasmo. Teníamos los manuscritos, los textos contextuales, la idea de los minijuegos que formarían cada etapa de Littera, uno para practicar el alfabeto, otro para las abreviaturas, otro para la transcripción… Faltaba el equipo de desarrollo técnico. Scribe of Ages no habría sido posible, y no lo será en el futuro, sin la colaboración de <a href="http://andresdepedro.com/">Andrés de Pedro</a>, que desde el principio acogió la idea con una energía tremenda y que, gracias a su experiencia profesional, ha madurado mucho más allá de lo que era inicialmente. Con Andrés vino <a href="https://jorgeperal.tumblr.com/">Jorge Peral</a>, que supo plasmar el diseño que tenía en mente con una rapidez y perfección impresionantes. Y, cuando ya la cosa empezaba a tomar forma, se sumó otro componente fundamental del equipo, <a href="http://cristinaraurich.cat/">Cristina Alís</a>, que, desinteresadamente, ha proporcionado (y quiero decir ha grabado) toda la música ambiental de Scribe of Ages. Si los alumnos/jugadores están más de 3 horas seguidas jugando (sus propios comentarios) es por su excelente trabajo. Primeros resultados Cuando ya tuvimos una versión beta de Scribe of Ages, invité a los alumnos de paleografía del grado en historia de la USAL a que lo probasen y la experiencia ¡resultó ser todo un hito! Jugaron, superaron cada etapa, aprendieron, se picaron entre ellos, y completaron lo que para nosotros había sido el trabajo de meses en unos pocos días. Lo más importante, nos animaron a ampliarlo, desarrollarlo más, completarlo y, en fin, llevaron la idea inicial a la siguiente etapa. Por tener una segunda opinión, también se abrió Littera a un grupo selecto de beta testers externos a través de convocatoria en Twitter, que super rápidamente se vio sobrepasada con más de cien personas pidiendo jugar. Ambas experiencias han demostrado que este tipo de recursos resultan indispensables en nuestro marco docente. Todos los alumnos constataron una mejoría indiscutible en sus habilidades en el trabajo con fuentes. De hecho, la nota media del curso subió considerablemente. Y mejoraron jugando. En la cafetería, en casa, entre asignaturas, casi por casualidad. Algo fundamental que nos dejó la primera ronda de testeo es darnos cuenta de que estábamos equivocados en una cosa; no habíamos caído en algo. Enfocamos el juego a nuestros alumnos, pero nos encontramos con alumnos de otras materias, de física, psicología, medicina, con gente de fuera del ámbito universitario, que también disfrutaban jugando. Tuvimos que darle una vuelta, y en ello estamos; este próximo año, Scribe of Ages será una historia gráfica completa, con su personaje principal y su archienemigo, en el que el jugador se verá envuelto en una búsqueda paleográfico-histórica a través de la edad media peninsular resolviendo puzles y, de paso, mejorando sus habilidades de transcripción… El año que viene. Beneficios para el docente El hecho de desarrollar y usar Scribe of Ages en clase, me ha llevado a ponderar dos aspectos que, a simple vista, no había considerado con tanta profundidad previamente. En primer lugar, la metodología docente de cada uno de los profesores que enseñamos fuentes manuscritas, dejando a un lado por un momento la especialidad, es diferente. Para unos, lo fundamental es conseguir que los alumnos realicen una transcripción medianamente potable y, para ello, dedican toda su energía a practicar transcripciones incansablemente en las horas de clase. Para otros, como es mi caso, la intención última es que aprecien los manuscritos con una opinión lo suficientemente formada que les capacite para acercarse a su contexto, que entiendan qué es un sistema gráfico y qué implicaciones tiene dado un contexto histórico determinado. Desde mi punto de vista, hacer bien una transcripción no tiene mucho que ver, aunque, por supuesto, es deseable, con ser un buen paleógrafo. En segundo lugar, es tremendamente aburrido tener que ceñirse a un programa docente. Separar la docencia de la investigación es erróneo y cansino, y nuestra falta de entusiasmo en clase se transmite con muchísima facilidad. Los alumnos han de saber en qué estamos trabajando, qué se está haciendo en el campo y por qué. Me parece fundamental mostrarles que la ciencia paleográfica, fuera de ser algo rígido, es cambiante y evoluciona constantemente. En ambos sentidos, Scribe of Ages ha resultado una buena herramienta para reflexionar sobre nuestra labor y cómo mejorarla. Partiendo de las clases presenciales, los alumnos han podido centrarse en la escritura en sí y en su contexto, en la transcripción de un texto específico, o en ambos. Pudiendo incorporar material casi automáticamente a la plataforma, incluso artículos recientes podían referenciarse con explicaciones específicas a las que el docente puede dirigir a los alumnos. Aún estamos dando los primeros pasos, pero, sin duda, está mereciendo la pena. Por ahora, Scribe of Ages es accesible solamente a nuestros alumnos. Queremos aprender cómo mejorar antes de abrir el juego a todos. Esperamos que, próximamente, podamos compartirlo y, espero, porque sigo teniendo más ideas locas, hacerlo aún más grande.

opencc-by-4.0Sep 2022View details →

Data for the "Technical Note: assessing predicted cirrus ice properties between two deterministic ice formation parameterizations" manuscript

This repository contains the post-processed ECHAM-HAM data files for comparing KM21_GCM and ML20 of "Technical Note: assessing predicted cirrus ice properties between two deterministic ice formation parameterizations" study. The files are all netCDF4.

opencc-by-4.0Oct 2022View details →

MS data linked to manuscript https://doi.org/10.3390/ijms22169055

Dataset of MS raw data linked to the publication https://doi.org/10.3390/ijms22169055. Data contains: 1. 90% MeOH fraction_Rhodococcus_neg. raw file corresponding to the UPLC-ESI-HRMS/MS spectra of the enriched fraction containing threlolipids. 2. Mgf file generated through Mzmine. The file contains 22 aligned MS/MS spectra corresponding to the 22 growth condition of the bacteria.