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81 results for “MITF”
POTENCIALES CIRCUITOS REGULATORIOS ENTRE miRNAs, MITF Y HIF1α EN LA LÍNEA CELULAR DE MELANOMA B16 BAJO CONDICIONES DE SUPRESIÓN DE CRECIMIENTO CELULAR E HIPOPIGMENTACIÓN INDUCIDOS.
<p>El melanoma es un cáncer de melanocitos, células especializadas en la síntesis de melanina, que muestra variación en la expresión de moléculas como RNAs mensajeros (mRNAs), factores de transcripción y microRNAs (miRNAs), entre otras. Los miRNAs son RNAs pequeños no codificantes entre los 18-22 nt, asociados con la regulación de cerca del 30% de los genes que codifican para proteínas, incluidos factores de transcripción, tanto en condiciones fisiológicas, como fisiopatológicas. A su vez, los factores de transcripción regulan la expresión de cientos de genes, incluidos los miRNAs; sin embargo, a la fecha, la asociación funcional entre estos tres actores moleculares y el fenotipo tumoral no es del todo clara. El objetivo de la presente investigación fue evaluar la expresión de miRNAs y de los mRNAs de los factores de transcripción Mitf y Hif1α en la línea celular de melanoma B16F1 expuesta a la 5-bromo-2´-deoxiuridina (5-Br-2’-dU), y plantear potenciales circuitos regulatorios asociados al fenotipo de hipopigmentación y disminución de la proliferación celular. Para ello, células B16F1 fueron expuestas a 5-Br-2’-dU 2.5 µg.mL-1 durante 72 horas, en medio DMEM (Dulbecco Modified Eagle Medium) a 37°C y 5% de CO2. Mediante small RNAseq se determinó la expresión diferencial de miRNAs maduros, mientras que la predicción de sus blancos moleculares, Mitf y Hif1α se realizó por TargetScanMouse versión 7.2. La expresión fue confirmada para los miRNAs miR-211-5p, miR-138-5p, miR-129-5p, miR-470-5p y miR-470-3p por RT-qPCR stem loop con un N= 3 y establecida para Mitf y Hif1α por RT-qPCR con un N=4; en todos los casos, el nivel de significación (*) fue determinado mediante una prueba t-Student a dos colas con corrección del Welch y las diferencias fueron consideradas como estadísticamente significativas para un valor p <0.05, ns: no significativo. Usando DEseq2, se analizaron los conteos obtenidos por small RNAseq y se determinó la expresión diferencial de 33 miRNAs por exposición a 5-Br-2’-dU, 11 sobre-expresados y 21 sub-expresados. Se confirmó por RT-qPCR el nivel de expresión de cinco miRNAs, dos de ellos a la baja (miR-211-5p (2.2X) y 138-5p (2.8X) y tres al alta (miR-129-5p (1.5X), miR-470-5p (22.7X) y miR-470-3p (124X)). El nivel de expresión de los mRNAs Mitf y Hif1α, se encontró para ambos a la baja (3.48X y, 4.58X, respectivamente). El análisis bioinformático por TargetScanMouse facilitó la construcción de potenciales circuitos regulatorios entre los miRNAs diferencialmente expresados y los factores Mitf y Hif1α para el fenotipo de hipopigmentación y disminución de la proliferación celular inducidos por la 5-Br-2’-dU. Los resultados obtenidos, plantean nuevos escenarios en el estudio del melanoma y mejoran nuestra comprensión de las potenciales asociaciones funcionales entre conjuntos de miRNAs, factores de transcripción como MITF y HIF1α y algunos genes que participan en el control de la pigmentación y la proliferación celular; sin embargo, se requiere establecer mediante ensayos de gen reportero de la luciferasa y otros ensayos funcionales, donde se usen estrategias como miRNAs miméticos y antimiRs, si para los circuitos regulatorios planteados, existe asociación funcional.</p>
Associated data for "SOX10, MITF, and microRNAs: decoding their interplay in regulating melanoma plasticity (doi: 10.1002/ijc.35499)".
<p>This deposit contains the data and analysis to recreate the results in the paper- <span>Lai X</span>, <span>Luan C</span>, <span>Zhang Z</span>, et al. <span>SOX10, MITF, and microRNAs: Decoding their interplay in regulating melanoma plasticity</span>. <em>Int J Cancer</em>. <span>2025</span>; <span>1</span>-<span>17</span>. doi: <a title="Link to external resource: 10.1002/ijc.35499" href="https://doi.org/10.1002/ijc.35499" target="_blank" rel="noopener">10.1002/ijc.35499.</a></p> <p>If you have used the data for your research, please cite the original publication. Thank you very much.</p> <p> </p> <p> </p>
O-GlcNAcylation promotes Palbociclib resistance in breast cancer by regulating MITF nuclear translocation
GEO Series GSE234516. Homo sapiens. 18 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing; Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing.
A novel butyrate derivative, zinc dibutyroyllysinate, blunts MITF expression and up-regulates retinol and differentiation pathway mRNAs in a full-thickness human skin model
GEO Series GSE290668. Homo sapiens. 12 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
Single Cell Sequencing of MITF-GFP sorted cells at 28
GEO Series GSE198791. Danio rerio. 1 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
Interactions of melanoma cells with distal keratinocytes trigger metastasis via Notch signaling inhibition of MITF
GEO Series GSE69403. Homo sapiens. 4 samples. Type: Non-coding RNA profiling by high throughput sequencing.
O-GlcNAcylation promotes Palbociclib resistance in breast cancer by regulating MITF nuclear translocation [ChIP-seq]
GEO Series GSE234515. Homo sapiens. 6 samples. Type: Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing.
Lineage-restricted regulation of SCD and fatty acid saturation by MITF controls melanoma phenotypic plasticity
GEO Series GSE137390. Homo sapiens. 36 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
Dysregulation of MITF in the context of defective MC1R and RB1/p16/CDK4 leads to melanocyte transformation [ChIP-Seq]
GEO Series GSE142014. Homo sapiens. 8 samples. Type: Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing.
MITF controls the TCA cycle to modulate the melanoma hypoxia response
GEO Series GSE132624. Homo sapiens. 36 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
Gene expression profiling of MEFs with and without Mitf induction compared to wild type MEF and primaryt melanocytes
GEO Series GSE102333. Mus musculus. 4 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
The MITF-SOX10 regulated long non-coding RNA DIRC3 is a melanoma tumour suppressor
GEO Series GSE129078. Homo sapiens. 3 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
A novel recurrent mutation in MITF predisposes to familial and sporadic melanoma
GEO Series GSE31269. Homo sapiens. 8 samples. Type: Expression profiling by array.
PAX6 Regulates Melanogenesis in the Retinal Pigmented Epithelium through Feed-Forward Regulatory Interactions with MITF
GEO Series GSE56548. Mus musculus. 6 samples. Type: Expression profiling by array.
Modulation of the transcriptional response to TNF-alpha in the human melanoma cell line MZ7 by MITF
GEO Series GSE71798. Homo sapiens. 16 samples. Type: Expression profiling by array.
MITF ChIP-seq in primary melanocyte and melanoma as a function of oncogenic BRAF
GEO Series GSE50681. Homo sapiens. 4 samples. Type: Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing.
SETD6 Mediates Selective Interaction and Genomic Occupancy of BRD4 and MITF in Melanoma [CUT&Run]
GEO Series GSE298161. Homo sapiens. 15 samples. Type: Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing.
Modelling of pigmentation disorders associated with MITF mutation in Waaredenburg Syndrome revealed an impaired melanogenesis pathway in iPS-derived melanocytes
GEO Series GSE200674. Homo sapiens. 18 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
Mitf is a Schwann Cell Sensor of Axonal Integrity that Drives Nerve Repair
GEO Series GSE218702. Mus musculus. 82 samples. Type: Expression profiling by high throughput sequencing.
Novel mechanisms of MITF regulation identified in a mouse suppressor screen
GEO Series GSE267956. Homo sapiens. 4 samples. Type: Genome binding/occupancy profiling by high throughput sequencing.
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Allen Brain Atlas is an Allen Institute collection of brain map atlases, datasets, APIs, and analysis tools covering mouse, human, and non-human primate brain resources.
Annotated Behaviour and Observability Dataset (ABODe)
ABODe is a University of Edinburgh DataShare dataset for behavior classification in group-housed mice using home-cage video, identities, bounding boxes, ground-plate positions, and annotator labels.
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