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Data from: Whole-genome analyses resolve the phylogeny of flightless birds (Palaeognathae) in the presence of an empirical anomaly zone
Palaeognathae represent one of the two basal lineages in modern birds, and comprise the volant (flighted) tinamous and the flightless ratites. Resolving palaeognath phylogenetic relationships has historically proved difficult, and short internal branches separating major palaeognath lineages in previous molecular phylogenies suggest that extensive incomplete lineage sorting (ILS) might have accompanied a rapid ancient divergence. Here, we investigate palaeognath relationships using genome-wide data sets of three types of noncoding nuclear markers, together totalling 20,850 loci and over 41 million base pairs of aligned sequence data. We recover a fully resolved topology placing rheas as the sister to kiwi and emu + cassowary that is congruent across marker types for two species tree methods (MP-EST and ASTRAL-II). This topology is corroborated by patterns of insertions for 4,274 CR1 retroelements identified from multi-species whole genome screening, and is robustly supported by phylogenomic subsampling analyses, with MP-EST demonstrating particularly consistent performance across subsampling replicates as compared to ASTRAL. In contrast, analyses of concatenated data supermatrices recover rheas as the sister to all other non-ostrich palaeognaths, an alternative that lacks retroelement support and shows inconsistent behavior under subsampling approaches. While statistically supporting the species tree topology, conflicting patterns of retroelement insertions also occur and imply high amounts of ILS across short successive internal branches, consistent with observed patterns of gene tree heterogeneity. Coalescent simulations indicate that the majority of observed topological incongruence among gene trees is consistent with coalescent variation rather than arising from gene tree estimation error alone, and estimated branch lengths for short successive internodes in the inferred species tree fall within the theoretical range encompassing the anomaly zone. Distributions of empirical gene trees confirm that the most common gene tree topology for each marker type differs from the species tree, signifying the existence of an empirical anomaly zone in palaeognaths.
The Pollution from Obsolete Issue Reports: An Empirical Study
<h1>The Pollution from Obsolete Issue Report: An Empirical Study</h1> <h2>Project summary</h2> <p>In software development, programmers use issue trackers to manage their maintenance issues and record valuable maintenance details in issue reports. Based on these issue reports, programmers have enhanced code comprehension and researchers have mined knowledge from issue reports to assist various programming tasks. Although issue reports are useful, some of them can be obsolete, in that their corresponding commits are overwritten or rolled back, with the evolution of software. The obsolete issue reports can invalidate their references and descriptions, and can have far-reaching impacts on the approaches built on them.</p> <p>To deepen the understanding of obsolete issue reports, we conducted the first empirical study to analyze obsolete issue reports. We consider that an issue report is obsolete if its revisions are partially or totally removed in later commits. To measure how an issue report becomes obsolete, we define an obsolete ratio of an issue report as its deleted lines over all its modified lines. In this paper, we build a tool, ICLinker, to inspect the obsolete issue reports and calculate the obsolete ratios. With ICLinker, we analyze 116,106 commits and 72,136 issue reports that are collected from 9 Apache projects. Taking them as our inputs, we explore four research questions, which concern the distributions, the references, the explanations and the impact of obsolete issue reports. Our findings on these research questions enrich the knowledge of obsolete issue reports, and some are even counterintuitive. For example, we find that obsolete issue reports are mixed with other issue reports. As another example, we find that only a small portion of issue reports are mentioned in code comments, but about half of them are obsolete. We confirm that 48.18% of issue reported recommended by a recent approach are obsolete. As many approaches take issue reports as inputs, obsolete issue reports can affect more research topics than recommending issue reports.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 17. Hériter de L 'Empire, avec Aimé Mpane
<p>Aimé Mpane est née à Kinshasa, au Congo, en 1968, où il a vécu jusqu'à l'âge de 24 ans. Son père était le célèbre sculpteur congolais Placide Mpane, dont la liste de clients allait du gouvernement de Mobutu et de l'Église catholique du Congo aux collectionneurs et touristes européens qui commençaient à visiter le pays. La tradition de la sculpture sur bois n'est qu'un des nombreux enseignements que Placide a légué à son fils.<br>C'est au milieu des années 1990 qu'Aimé quitte son pays et part vivre en Belgique. Là, il est confronté au racisme, aux préjugés et à l'invisibilité des arts originaires du continent africain. C’est alors qu’il opte pour une approche qui, bien qu'ancrée dans l'art contemporain européen, fait un lien explicite avec l'Afrique noire, interrogeant le statut subalterne de cet univers artistique.<br><br>Artiste plasticien et commissaire d'exposition, la vie d'Aimé Mpane se partage aujourd'hui entre Bruxelles et Kinshasa. Une identité qui erre – peut-être pourrait-on décrire ainsi la matrice plurielle sur laquelle l’artiste s’appuie. Ce n'est pas un hasard si António Pinto Ribeiro l'identifie comme « l'artiste des relations », celui qui crée des ponts entre le passé et le présent, entre l'Europe et l'Afrique, entre l'individuel et le collectif. Mais personne mieux qu’Aimé Mpane lui-même pour nous dire ce que signifie réellement pour lui naviguer entre deux cultures et deux espaces géographiques et affectifs différents. Écoutons-le dans le 17e épisode de "En Mémoire de la Mémoire".<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 14. Hériter de L'Empire, avec Djamel Kokene-Dorléans
<p>Djamel Kokene-Dorléans est né en 1968 en Algérie, mais s'installe en France à l'âge de 10 ans, où il vit et travaille encore aujourd'hui. Son travail englobe le dessin, la sculpture, la photographie, l'installation et la vidéo, qu'il utilise pour explorer les tensions entre langage et représentation, la notion d'identité et de nationalité, le rôle des musées et leurs limites, ainsi que le dialogue entre le vivant et l’inanimé.<br> <br>La décision de quitter l'Algérie ne fut pas la sienne, mais celle de ses parents, qui avaient mis fin à leur mariage alors qu'il était encore très jeune. À cette époque, son père part en France et il ne le revoit que vers l'âge de neuf ans, lorsque son père revient en Algérie pour finaliser la procédure de divorce. À cette occasion, ils décidèrent que pour donner plus de chances à Djamel, qui avait à peine fréquenté l'école et qui passait ses journées comme berger, il devait partir avec son père en France. À l'âge de dix ans, il quitte donc l'Algérie et part vivre en Bretagne avec son père et sa nouvelle épouse. Son histoire familiale et les expériences de sa petite enfance et de son adolescence, dit-il, auront un impact décisif sur son parcours ultérieur et sa façon de voir le monde.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 16. Hériter de L'Empire, avec John K. Cobra
<p>Roland Gunst alias John K. Cobra (son pseudonyme artistique) est né à Boma, au Congo, en 1977 dans une famille biculturelle, d'un père belge et d'une mère congolaise. Il nous dit dans cet épisode que, quelle que soit la personne qu'il rencontre, il s'adapte toujours à la personne avec laquelle il interagit. Ce mode de fonctionnement, comme il l'appelle, semble émerger des expériences qu'il a vécues dans sa petite enfance au Congo, mais aussi des moments difficiles qu'il a traversés lorsqu'il a déménagé avec sa famille en Belgique, alors qu'il n'était qu'un pré-adolescent. Dans ce contexte, l'art a été beaucoup de choses, mais il a surtout commencé comme un ancrage et une thérapie, une manière de projeter et de retravailler ces souvenirs blessés de sa jeunesse.<br><br>En critiquant le colonialisme, l'impérialisme et le capitalisme, le travail de John K. Cobra remet en question les relations entre pouvoir et silence, oppression et résistance, entre traumatisme et témoignage. C'est le cas de la "Trans-architecture", nom commun des installations qu'il a créées pour l'exposition Europa Oxalá. Il nous parle de tout cela et de bien d'autres choses encore dans le dernier épisode de "En Mémoire de la Mémoire".<br><br>Les auditeurs doivent savoir que l'épisode d'aujourd'hui est en anglais, car c'est dans cette langue que s'est déroulée l'interview originale de l'artiste. La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio Carvalho. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 15. Hériter de l'Empire, avec Márcio Carvalho
<p>En mémoire de la mémoire, nous nous entretenons aujourd'hui avec Márcio Carvalho.<br><br>Issu d'une famille multiraciale composée d'Angolais et de Portugais, dont six générations sont nées en Angola, Márcio Carvalho est né en 1981 à Lagos, au Portugal. Artiste visuel, conservateur d'art contemporain et illustrateur, il vit actuellement entre Berlin et le Portugal.<br><br>Son travail, qui utilise différents médias et langages, se situe aux intersections entre la mémoire individuelle et la mémoire collective, entre le pouvoir et le silence, entre le souvenir et l'oubli. "If my grandmother was a historian" propose de réfléchir à ce que signifie raconter l'histoire à partir d'autres sujets, d'autres voix, d'autres géographies et d'autres disciplines, et à ce que ce geste peut apporter aux mouvements d'interpellation du passé et du présent.<br><br>Nombre de ses œuvres remettent en question la mémoire festive associée aux statues, aux toponymes et aux monuments coloniaux qui peuplent encore de nombreuses villes européennes et du monde entier. On pourrait dire que ses œuvres sont, dans une certaine mesure, une sorte de contre-monument, qui remet en question les récits dominants et même l'idée du monument et de l'archive en tant qu'espaces statiques et fixes. Dans "Falling Thrones", une série d'images qui faisait partie de l'exposition <em>Europa Oxalá</em>, nous trouvons des images en noir et blanc de figures de pouvoir coloniales telles que le roi Léopold de Belgique juxtaposées aux figures colorées d'athlètes noirs qui se sont également distingués en tant que militants anticoloniaux, dans un conflit de corps, d'expériences, de mémoires et d'héritages différents. Il parlera de tout cela aujourd'hui dans En Mémoire de la Mémoire, un podcast du projet MAPS.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. La voix de Márcio Carvalho est doublée par Júlio Gomes. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 12. Hériter de l'Empire, avec Zia Soares
<p>En mémoire de la mémoire, aujourd'hui, nous nous retrouvons avec Zia Soares.<br>Zia Soares est metteur en scène et actrice. Elle est l'une des fondatrices du Griot Théâtre, une compagnie qu'elle a dirigée pendant plus de dix ans. Le travail de Zia et de la compagnie, pionnière dans le contexte des arts du spectacle au Portugal, est devenu, entre autres, un espace de transgression et de critique, réfléchissant à l'exclusion des personnes racialisées, aux corps noirs et à la sélectivité de l'histoire, qui rend certains discours et récits invisibles. <em>Faz escuro nos olhos</em>, <em>Os negros</em>, <em>O riso dos necrófagos</em> et <em>Uma dança das floresta</em>s sont quelques-uns des spectacles qui ont été produits et créés tout au long de l'histoire de la compagnie.<br><br>Dans le podcast d'aujourd'hui, l'histoire familiale et les éléments biographiques se mêlent aux aspects de la mémoire publique et de la responsabilité collective.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma et la voix de Zia Soares est doublée par Mariana Marques. Les chansons de cet épisode sont des créations de Xullaji pour les spectacles FANUN RUIN et O riso dos necrófagos (avec l'aimable autorisation des artistes). Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 8. Hériter de L'Empire, avec Amalia Escriva
<p>En Mémoire de la Mémoire, nous nous retrouvons aujourd'hui avec Amalia Escriva.<br><br>Amalia Escriva vient d’une famille qui a vécu en Algérie pendant plusieurs générations. Sa mère, métropolitaine française, a habité sur le territoire pendant plus de dix ans et son père y est né, ainsi qu’une grande partie de la famille paternelle de la génération précédente. La vie de plusieurs de ses proches – grands-parents, parents, oncles et tantes – a été profondément marquée par l’expérience de la guerre et le processus de décolonisation qui a suivi. Beaucoup d’entre eux finiront par abandonner le territoire un an après l’indépendance nationale.<br><br>Nous avons parlé avec Amalia de son enfance et de la façon dont elle a grandi en entendant le mot Algérie comme référence à un espace nostalgique, affectueux et magique, mais perdu. La « France », à son tour, serait un endroit froid et d’abandon. Avec le temps et le fruit de son travail de cinéaste et documentariste, ses imaginaires ont changé. Amalia nous parlera de tout ça et de bien plus encore. Par exemple, comment son grand-père paternel lui a fait promettre qu'elle ne retournerait jamais en Algérie. Mais Amalia y est retournée bien que 50 ans plus tard. Et depuis, elle y retourne toujours. La première fois, elle y est allée en travail. Elle voulait raconter l'histoire de son arrière-grand-mère paternelle, à qui elle doit son nom : Amalia Escriva.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 7. Hériter de L'Empire, avec Saïd Merabti
<p>En mémoire de la mémoire, aujourd'hui nous nous retrouvons avec Saïd Merabti.<br><br>La voix de Saïd Merabti est calme et sereine, que ce soit lorsqu'il évoque son enfance en Algérie, où il est né en 1955, ou lorsqu'il évoque son déménagement en France, pays où son père a été rapatrié avec sa famille en 1962, après la proclamation de l'indépendance. Son père était un harki. Le terme harki, comme l’expliquera Saïd, désigne une personne, souvent d'origine algérienne, qui a collaboré avec l'armée française lors de la guerre d'indépendance algérienne.<br><br>Les expériences de sa jeunesse dans les cités du nord de Marseille et celles qu'il a vécues à l'âge adulte ont fait de lui un défenseur de la culture berbère, un militant antiraciste et un citoyen actif dans la création, en France, d'associations de harkis ou membres de familles de harkis. On estime que près de 60 000 harkis sont partis en France après l’indépendance de l’Algérie, où leurs conditions de vie étaient très précaires, donnant lieu au sentiment d’être méprisés, oubliés et maltraités. Cette question, qui peut être considérée comme une blessure encore ouverte et profonde, a conduit le chef de l'État français à s'excuser publiquement auprès des Harkis et de ses descendants en 2021, leur promettant reconnaissance, réparations et réconciliation, sans toutefois fournir de détails sur la manière dont ce processus se déroulerait. À propos de ces héritages difficiles et d’autres, écoutons Saïd Merabti.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 10. Hériter de L'Empire, avec Ariana Furtado
<p>En mémoire de la mémoire, nous avons rencontré Ariana Furtado.<br><br>Ariana Furtado est née au Cap-Vert en 1976 et est arrivée au Portugal alors qu'elle était bébé. Sa biographie et celle de sa famille, de ses ancêtres et de ses descendants, ont fini par occuper une place centrale dans le travail pédagogique et social qu'elle effectue. En particulier dans le domaine de l'éducation, une vocation qu'elle a pleinement accomplie. Enseignante à l'école primaire, traductrice de livres pour enfants et co-auteur du projet "Sac à la main contre la discrimination", Ariana nous en a dit un peu plus sur ses mille autres visages lors de cette rencontre.<br><br>Les expériences d'Ariana entre le Cap-Vert et le Portugal prennent la forme de labyrinthes inscrits à son nom. Ce sont des expériences marquées sur sa peau et qu'elle a répercutées dans sa biographie intime, familiale et professionnelle. Ces héritages de l'empire, que le temps n'a pas effacés, Ariana espère qu'ils seront atténués dans la génération suivante, celle de sa fille Madalena.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix d'Ariana Furtado est doublée par Mariana Marques et la voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. Indicatif : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 9. « Les Sujets Impliqués : Qui Sommes-Nous dans L'Après-Empire ? »
<p>Que signifie être un héritier du colonialisme ? Comment devient-on un sujet de la post-mémoire ou un sujet impliqué ?<br><br>Dans l'épisode d'aujourd'hui, je suis partie à la recherche de réponses possibles à ces questions. Avec Ariana Furtado, Margarida Calafate Ribeiro, Judith Elseviers, Paulo de Medeiros, Ana Paula Africano et António Sousa Ribeiro.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. Les voix d'Ariana Furtado et d'Ana Paula Africano sont doublées par Mariana Marques. Les voix de Paulo de Medeiros et António Sousa Ribeiro sont doublées par Júlio Gomes. Indicatif : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 5. Hériter de L'Empire, avec Verónica Leite de Castro
<p>En mémoire de la mémoire, nous nous entretenons aujourd'hui avec Verónica Leite de Castro.<br><br>Verónica Leite de Castro est née à Luanda, la capitale de l'Angola, en 1959. Son père, portugais, a émigré en Angola où il dirigeait un établissement commercial. C'est là qu'il a rencontré la mère de Verónica, une Angolaise née dans la province d'Uíge, fille d'un père portugais blanc et d'une mère bacongo noire du nord de l'Angola. Verónica Leite de Castro a grandi dans une famille de femmes et n'a rencontré son père qu'à l'âge de 16 ans, après être venue vivre au Portugal.<br><br>Le fait de grandir dans une famille dont l'histoire est profondément liée au colonialisme et aux relations de pouvoir et de violence racistes, sexistes et fondées sur la classe sociale qu'il a engendrée a eu un impact sur sa vie ultérieure. Lorsque la révolution du 25 avril 1974, qui a mis fin à la dictature au Portugal, a eu lieu, elle vivait encore en Angola. L'année suivante, elle s'est installée au Portugal. Elle explique qu'elle n'est pas une rapatriée, que son histoire est différente. En examinant le chemin parcouru en termes de mémoire publique du colonialisme au Portugal, Verónica Leite de Castro souligne la manière dont les héritages coloniaux ont encore un effet décisif sur la société portugaise.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma e et la voix de Verónica Leite de Castro est doublée par Mariana Marques. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 4. Hériter de L'Empire, avec Paulo Faria
<p>En souvenir de la mémoire, nous nous entretenons aujourd'hui avec Paulo Faria.<br><br>Paulo Faria est né à Lisbonne en 1967. Écrivain et traducteur littéraire, il est fort probable que vous ayez croisé son nom plus d'une fois chez vous, dans l'un des livres de Cormac McCarthy, Charles Dickens ou George Orwell qu'il a traduits en portugais. En mémoire de son père, mais aussi d'un passé dans lequel il se considère comme un sujet impliqué, il a écrit deux romans - et d'autres textes - sur les héritages de la guerre coloniale.<br><br>Dans le podcast MAPS, nous parlons avec Paulo Faria des silences, des héritages et des raisons pour lesquelles, afin de découvrir son père, il a d'abord dû découvrir la guerre : une guerre contre l'oubli, une guerre contre le deuil, une guerre contre le traumatisme, une guerre contre lui-même, une guerre contre les façons dont cet événement est encore pensé et raconté au Portugal aujourd'hui. Paulo Faria parlera de tout cela dans En mémoire de la mémoire.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et le graphisme par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma e et la voix de Paulo Faria est doublée par Júlio Gomes. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique originale de XEXA.</p>
Podcast En Mémoire de la Mémoire | Ep 3. « Enfants de L'Empire et Post-Mémoires Européennes »
<p>Dans ce troisième épisode, l'accent est mis sur le projet de recherche MEMOIRS - Enfants de l'Empire et post-mémoires européennes, un projet financé par le Conseil européen de la recherche, qui s'est déroulé au Centre d'études sociales de l'Université de Coimbra entre 2015 et 2021.<br><br>MEMOIRS se proposait de mener une recherche comparative permettant de repenser l'Europe contemporaine à partir de ses héritages coloniaux et impériaux. L'analyse est centrée sur des récits personnels et artistiques issus de la littérature, des arts visuels et du spectacle, du cinéma et de la musique, qui soulèvent des questions sur le passé, le présent et l'avenir de l'Europe.<br><br>En se concentrant sur les éléments d'une génération qui n'a pas connu le colonialisme et les guerres de libération, ou seulement de manière très indirecte, MEMOIRS a exploré les concepts d'héritage, de décolonisation et de post-mémoire. Les études de cas portent sur trois pays européens, le Portugal, la France et la Belgique, et sept pays africains, l'Angola, le Mozambique, le Cap-Vert, la Guinée-Bissau, São Tomé et Príncipe, l'Algérie et la République démocratique du Congo. António Sousa Ribeiro, chercheur du projet, était présent sur le plateau de "En Mémoire de la Mémoire" pour nous parler de l'approche interdisciplinaire et comparative de MEMOIRS.<br><br>La direction a été assurée par Inês Nascimento Rodrigues, le montage sonore par José Gomes et l’image graphique par Márcio de Carvalho. La voix de la narratrice est celle d’Ana Palma. Générique : voix de Rui Cruzeiro et musique original par XEXA.</p>
Replication Package: An Empirical Study on the Characteristics of Reusable Code Clones
<p>This is the updated code and datasets with comments to the code.</p>
Usefulness and Ease of Use of TikTok as an Academic Support Tool: An Empirical Study of University Students
Open the record for dataset details and reuse information.
Updated SAUUHUPP Model and Empirical Validations
Open the record for dataset details and reuse information.
Replication kit for: Problems with SZZ and Features: An empirical study of the state of practice of defect prediction data collection
<p>This is the replication package for our article "Problems with SZZ and Features: An empirical study of the state of practice of defect prediction data collection". </p> <p>All relevant information is available in the replication-notebook, which is available as executable Jupyter Notebook and as HTML page.</p> <p>The archive release-level-data.tar.gz contains the defect prediction data labeled with IND-JLMIV+R for the 398 releases and is shared for re-use by other researcher for defect prediction experiments. </p> <p>The archive DO_NOT_USE_release-leve-data.tar.gz contains the contains the defect prediction data labeled with 6M-SZZ and should not be re-used. </p> <p>The raw data with the MongoDB required to run the Jupyter Notebook is contained in the SmartSHARK Database release 1.0 (https://smartshark.github.io/dbreleases/ / https://doi.org/10.5281/zenodo.4071448).</p> <p>All materials are licensed under the Apache 2.0 License (see LICENSE file). </p>
Static Code Analysis Alarms Filtering Reloaded: an ML Approach and its Empirical Evaluation on a New Real-World Dataset
<p>This is a replication data package for a paper titled "<em>Static Code Analysis Alarms Filtering Reloaded: an ML Approach and its Empirical Evaluation on a New Real-World Dataset</em>".</p> <p>Paper abstract: Even though Static Code Analysis (SCA) tools are integrated into many modern software building and testing pipelines, their practical impact is still seriously hindered by the excessive number of false positive warnings they usually produce. To cope with this problem, researchers have proposed several post-processing methods that aim to filter out false hits (or equivalently identify ``actionable'' warnings) after the SCA tool produced its results. However, we found that most of these approaches are targeted (i.e., deal with only a few SCA warning types) and evaluated on synthetic benchmarks or small-scale manually collected data sets (i.e., with typical sample sizes of several hundred).</p> <p>In this paper, we present a code embedding-based approach for filtering false positive warnings produced by 160 different SonarQube rule checks, one of the most widely adopted SCA tools today. We evaluate the method on a dataset containing 224,484 real-world warning samples fixed (true positive samples) or ignored (false positive samples) by the developers, which we collected from 9,958 different open-source Java projects from GitHub using a data mining approach. It is the most extensive real-world study and public dataset we know of in this area. Our method works with an accuracy of 91% (best F1-score of 81.3% and AUC of 95.3%) for the classification of SonarQube warnings.</p>
Data set for EMPIR project MeDDII Report D2
<p>Data set for the D2 of project MeDDII - Comparison on microflow</p>
ScienceDex guides
Understand access before you commit
These curated guides explain access requirements, typical timelines, costs, and reuse considerations for widely used research datasets.
Allen Brain Atlas
Allen Brain Atlas is an Allen Institute collection of brain map atlases, datasets, APIs, and analysis tools covering mouse, human, and non-human primate brain resources.
Annotated Behaviour and Observability Dataset (ABODe)
ABODe is a University of Edinburgh DataShare dataset for behavior classification in group-housed mice using home-cage video, identities, bounding boxes, ground-plate positions, and annotator labels.
DANDI Archive for NWB datasets
DANDI is a BRAIN Initiative archive for publishing and sharing neurophysiology data, including electrophysiology, optophysiology, and behavioral data packaged as NWB and related standards.
International Brain Laboratory public data
The International Brain Laboratory public data releases expose standardized mouse decision-making experiments, including Neuropixels recordings, widefield calcium imaging, behavior, and session metadata accessed through the ONE API.
OpenNeuro
OpenNeuro is a free, open platform for sharing neuroimaging datasets, with public search, dataset pages, and download paths for web, S3, DataLad, and the OpenNeuro CLI.